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(無題) 削除/引用 No.26-7 - 2012/01/25 (水) 11:32:25 - aileron nana様 　返信ありがとうございます。 　　 　教えていただいたサイトですが、すごいですね。一冊の専門書並みの情報が丁寧に詰まっています。このサイトを元に勉強したいと思います。 　またわからないことが出てきて、質問するかと思いますがよろしくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.26-6 - 2012/01/23 (月) 17:28:17 - nana いくつか考えるべきところはあると思いますが、次の２点を確認する必要がありそうです。 （１）alignmentが適切か。 ソフトウェアに計算させればなんらかのalignmentは出ますが、結果を見てみると、配列の相同性がきちんととれていない、つまり、無理やりに整列化していることがあります。このような場合、そもそも系統樹を書くことが不適切になります。場合によっては、alignmentがとれない領域を削るなど、配列の相同性が担保できるようにする必要があるかもしれません。aileronさんのalignemntは大丈夫ですか？ （２）置換モデルについて alignmentが適切であれば、引き続いて置換モデルを検討することになります。置換モデルは、タクサごと、遺伝子ごと、場合によって座位ごとに異なります。「この分類群にはこのモデル」ということはないので、私はモデル選択のソフトウェアを使って検討しています。 詳しくは以下のサイトの解説をご覧いただくとよいと思います。 http://www.fifthdimension.jp/documents/molphytextbook/ alignemntの考え方から、モデル選択、系統樹の作成や検定まで、わかりやすく解説されていて、私も参考にしています。 最後は丸投げみたいになって申し訳ありませんが、せっかくの機会ですので、少し勉強するのも楽しいと思います。 引き続きご不明な点があれば、いつでもどうぞ。

(無題) 削除/引用 No.26-5 - 2012/01/23 (月) 15:40:32 - aileron nana様 　レス、ありがとうございます。また、返信が遅くなってしまい大変申し訳ありませんでした。 　nana様の仰られるとおり、系統樹を最尤法で書いた時に使ったアミノ酸の置換モデルが問題かもしれません。 　alignmentは、アミノ酸配列で行っています。 アミノ酸の置換モデルはJones-Taylor-Thornton (JTT) modelを使い、塩基ごとの進化速度は一定で行いました。 　無脊椎動物の遺伝子の系統樹を書くときに都合が良い置換モデルは何かあるでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.26-4 - 2012/01/17 (火) 07:56:09 - nana 使われいるのは塩基配列でしょうか、アミノ酸配列でしょうか。alingmentの結果を見て、明白におかしいところがありますか？ タクサごとに進化速度が違うのならalignmentの問題ではなく、進化モデル（塩基置換モデル、アミノ酸置換モデル）の問題ではないですか。 また、long branch attractionは起きていないですか？ alignmentは重要ですが、進化速度の違いをalignmentで補正するというのは、あまりやられていないと思いますが．．．alignmentは、どの残基同士が相同なのかを比較することだと思いますので。 すみません、状況がよくわからないので、話が適切でないかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.26-3 - 2012/01/16 (月) 22:44:19 - aileron nana様 　この遺伝子は脊椎動物ではうまく系統樹が書けます。 　おそらく無脊椎動物では、それぞれの生物で進化速度が変化していると思われます。そこを考慮してalignmentしたいのですがどうしたら良いでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.26-2 - 2012/01/16 (月) 08:40:40 - nana alignmentがうまくいっていないのですか？

系統樹の作成について 削除/引用 No.26-1 - 2012/01/11 (水) 17:10:35 - aileron 　今、ある遺伝子の無脊椎動物 orthologueで系統樹を作成しようとしています。 　MEGA5というソフトを用いて、配列をclustalWでalignmentし、その配列をもとに最尤法で系統樹を描いてみました。 　すると系統樹が、明らかに現在提唱されている進化の分岐とは違うものを示してしまうのです。 　この系統樹を、現在提唱されている進化の分岐と合うようにするためにはどうしたらよいでしょうか？ 　clustalWでalignmentする際、guide treeなるものを設定してalignmentすればよいのでしょうか？ 　どなたか詳しい人がいれば教えていただけたらと思います。 　よろしくお願いします。

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