paさん、中年さん、APさん、おおさん、コメントありがとうございます。参考になります。
>UCさんの示された数値は、熱変性への断片化の影響を調べられたというこ
>とで、明示されてませんが熱変性も行われてると解釈していました。ソニ
>ケーションの効果に対する言及も同様に熱変性を前提に言われてるのだろ
>うと思います。
に関してですが、先に挙げたものは熱変性をする前の数値です。単なるソニケーションでどれくらい1本鎖が増えるのかに興味がありましたし、それに加えて熱変性したらどうなるかも、もちろん興味があるというか、実験上、その過程も入りますので、今日、昨日ソニケーションで断片化したものを熱変性(95℃, 5分→氷水)して、同様に測定してみました。結果、%ssDNAの値は(前回の結果も含めて書くと)、
前: 26.5%
後: 55.9% (熱変性なし)
後: 96.1% (熱変性あり)
となりました。まさか9割を超えるとは思っていなかったので、ちょっと驚きました。これなら、実験に問題なく使えそうです。
>ソニケーションで一本鎖DNAが増えるとは不思議です。二本鎖が互い違いに
>切れて断端に一本鎖部分が露出しているだけかもしれません。
これはそうなのかなと思います。当初は、超音波で2本鎖がスパッと切れるようなイメージを持っていましたが、実際は、2本鎖の内、1本鎖だけが切れるものがあり、今回のように150bpの小さいサイズだと、断端の1本鎖も千切れ、1本鎖が増える、ということかなと思います。
これに熱変性を加えると、解離した1本鎖は、皆さんのご指摘のように、もはや
相補鎖を探せずに、大部分は1本鎖のままであると。
機会があれば、ソニケーションなしの熱変性のみで%ssDNAがどれくらいか調べて報告しようと思います。 |
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