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RT-PCR ハウスキーピング遺伝子の用意について トピック削除
No.2663-TOPIC - 2013/12/16 (月) 10:46:15 - ほねっこ
real time RT-PCR数か月程度の経験者です。

組織からtotal RNA→c DNAを抽出・作成し、18rRNAをハウスキーピング遺伝子にして検体ごとのターゲット遺伝子の発現を比較Ct法を用いて調べています。

解析したい遺伝子の種類が多いと、1日に2〜3回同じ検体でRT-PCRを行うことがあるのですが、毎回18rRNAを解析の系においています。


同じ検体の解析で、サイクル数など設定が同じであれば、2、3回目は1回目の18rRNAの結果(1回目のRT-PCRの18rRNA)を用いてΔCt値を求めてもよいような気がしています。
(ウェルのスペースやサンプルを節約できるので可能ならそうしたいです)

これは問題ありでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.2663-4 - 2013/12/17 (火) 13:10:35 - おお
なんか一つでも共通したものがないと不安じゃないですか?その時のPCRが変だったとかしても違う遺伝子であれば気がつかないっていう可能性をかんがえると。

(無題) 削除/引用
No.2663-3 - 2013/12/17 (火) 12:02:00 - ああああ
私はハウスキーピング遺伝子を毎回用いています。
人によって意見が分かれるでしょうし、欲しいデータにもよるのでは?
学生の方でしたら、ボスに話を伺っておいたほうがよいと思います(ハウスキーピング遺伝子を用いていない場合、データを取り直すように言われる可能性もあります)。

ただ、毎回ハウスキーピング遺伝子はやっておいたほうが安心は出来るかと(操作に慣れておらず不安があるのでしたら特に)。

(無題) 削除/引用
No.2663-2 - 2013/12/17 (火) 11:15:23 - TS
意外?とレスがつきませんね。

教科書的には、常に一緒に反応にかけることになっているんでしたか。

わたしは、ハウスキーピング遺伝子を毎回はやっていませんね。
1回解析したデータで、複数のターゲット遺伝子の相対定量をします(ΔΔCt法)。

ハウスキーピング遺伝子を分析して、しばらく時間があいてから再度解析が必要になった時とかは、念のため、もう一度やったりはします。
それでも群間差の傾向が大きく変わったことはありませんが、なんとなくです。

他のみなさんはどうなんでしょうか。このようなやり方をしている人がどのくらいいらっしゃるか、あるいは受け入れられにくいか、興味あります。

RT-PCR ハウスキーピング遺伝子の用意について 削除/引用
No.2663-1 - 2013/12/16 (月) 10:46:15 - ほねっこ
real time RT-PCR数か月程度の経験者です。

組織からtotal RNA→c DNAを抽出・作成し、18rRNAをハウスキーピング遺伝子にして検体ごとのターゲット遺伝子の発現を比較Ct法を用いて調べています。

解析したい遺伝子の種類が多いと、1日に2〜3回同じ検体でRT-PCRを行うことがあるのですが、毎回18rRNAを解析の系においています。


同じ検体の解析で、サイクル数など設定が同じであれば、2、3回目は1回目の18rRNAの結果(1回目のRT-PCRの18rRNA)を用いてΔCt値を求めてもよいような気がしています。
(ウェルのスペースやサンプルを節約できるので可能ならそうしたいです)

これは問題ありでしょうか?

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