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実験の再現性について トピック削除
No.2665-TOPIC - 2013/12/16 (月) 19:46:54 - 4年生
4年の学生です。

質問は、表現型の観察実験での再現性についてです。

現在、シロイヌナズナを使った、組織の細胞数や面積を解析する実験をしています。
実験1回あたりn=10個体で、これまでは再現性をとるために日を変えて同一実験を繰り返してきました。
また、このときの培地は1回目と同じ培地を使っていました。

ここでふと思ったのですが、
1回目の実験で20個体分のデータをまとめて出すのと、同じ培地を使った状態で日を改めて2回繰り返すのは、どう違うのですか?

ほかの同期は、qRT-PCRの場合だと、1つの培地からバイオロジカルレプリカをまとめて取ったりしてますが、それとはどう違うのでしょう?

先輩に質問しても、いまいちわかりませんでした。

宜しくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.2665-6 - 2013/12/17 (火) 10:58:41 - AP
いかに恣意的に条件をそろえたつもりでも、コントロールできない条件や想定外の条件はあるもので(天候、月齢、実験者の気分や体調、朝食べた物、、、、、、)。でた結果がたまたまその日、その時、その実験でのみ成立したものだったかもしれない。反復実験の意義のひとつには、そのような未知あるいは制御不能の条件に出来る限りバイアスをかけないために、ランダム化するということもあると思います。実験条件をどこまでコントロールしたか、という自信の程度によって、反復実験の重みも違ってくるでしょう。

(無題) 削除/引用
No.2665-5 - 2013/12/17 (火) 10:46:16 - おお
>[Re:1] 4年生さんは書きました :
> 4年の学生です。
>
> 質問は、表現型の観察実験での再現性についてです。
>
> 現在、シロイヌナズナを使った、組織の細胞数や面積を解析する実験をしています。
> 実験1回あたりn=10個体で、これまでは再現性をとるために日を変えて同一実験を繰り返してきました。
> また、このときの培地は1回目と同じ培地を使っていました。

個体から細胞を取ってきて培養したのですか?
実験系がよく分からないのです。バイチはロットでどれくらい違いがでるのですか?それによっても同じバイチにする必要性がかわってきます。それとも同じバイチとは、組成が同じで違い組成のバイチもつかえるということですか?

>
> ここでふと思ったのですが、
> 1回目の実験で20個体分のデータをまとめて出すのと、同じ培地を使った状態で日を改めて2回繰り返すのは、どう違うのですか?

同じ培地を使って、日を改めて2回繰り返して、どうするんですか?データー処理について書かれてないのでよくわかりませんよ。

10個体で20個体分のデーターを出したいっていうことですか?10個体から取ったデーターはどうしようが10個体分のデーターですよ。個体から葉っぱとかとって観察しているなら、日が違うことによる変化とか葉っぱ取ったらそのストレスとかでどの程度変わってくるのかというのが分からないですが、その実験系を使っている人として貴方のこれらに関する考え方はどうなんでしょうか。日をかえても変わらないとするなら実験のばらつきを見ているだろうから、同じ個体の値の平均をとって10個体分とする方がいいのではとおもいますが、、、

培地に移して測定するまでの再現性なら、10固体で3日続けてやって、3回とも同じ傾向が見られるとすればいいかとおもいますが、各固体の処理をしているなら、それに関しての再現性はみてないことになりますよね。

(無題) 削除/引用
No.2665-4 - 2013/12/17 (火) 10:19:19 - ~
>1回目の実験で20個体分のデータをまとめて出すのと、同じ培地を使った状態で日を改めて2回繰り返すのは、どう違うのですか?
日を改めた場合、培地以外の環境や操作の違いが結果に与える影響を拾うことが出来ます。
培地の調製誤差を拾うために、別ロットの培地で評価することもあります。

>qRT-PCRの場合だと、1つの培地からバイオロジカルレプリカをまとめて取ったりしてますが、それとはどう違うのでしょう?
どのようなサンプルを指しているのかよく分かりませんが、同じサンプルを同時に複数回PCRにかけているということでしょうか?そうであれば、測定の誤差を拾うために行っている操作ですね。
同じ培地から取った異なるサンプルを測定しているということであれば、通常は1回の実験で終わらせず、再現性を見る実験も行うと思います。
1回目の実験で得られた結果を普遍的なものであるとして考察すると、誤った結論を導く可能性があります。

(無題) 削除/引用
No.2665-3 - 2013/12/16 (月) 21:40:14 - 独り言
そういうのって、グレーゾンな感じ。
一回につき10サンプルを測定して、それを3回繰り返すことは、文句なく正しい。それぞれ3回は論文にthree independent experimentsを書けます。

でも一回に30サンプルを測定した場合は、それぞれがindependent experimetnsと言えるのか微妙。人によって解釈が違うような。

(無題) 削除/引用
No.2665-2 - 2013/12/16 (月) 20:34:34 - qq
あなたのやっている方法は、おそらく正しい方法です。
>1回目の実験で20個体分のデータをまとめて出すのと、、、、、
同じ値がでるのであれば、本質的な差異は無いということになるでしょうが、同じ値が出ないときは、どのように考えますか?いろいろな解釈があるかもしれません。
だからこそ、時間と労力とお金があるうちは、「まとめない方が良い」のではないでしょうか?

実験の再現性について 削除/引用
No.2665-1 - 2013/12/16 (月) 19:46:54 - 4年生
4年の学生です。

質問は、表現型の観察実験での再現性についてです。

現在、シロイヌナズナを使った、組織の細胞数や面積を解析する実験をしています。
実験1回あたりn=10個体で、これまでは再現性をとるために日を変えて同一実験を繰り返してきました。
また、このときの培地は1回目と同じ培地を使っていました。

ここでふと思ったのですが、
1回目の実験で20個体分のデータをまとめて出すのと、同じ培地を使った状態で日を改めて2回繰り返すのは、どう違うのですか?

ほかの同期は、qRT-PCRの場合だと、1つの培地からバイオロジカルレプリカをまとめて取ったりしてますが、それとはどう違うのでしょう?

先輩に質問しても、いまいちわかりませんでした。

宜しくお願いします。

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