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DNA精製時のproK処理の意義 トピック削除
No.2681-TOPIC - 2013/12/20 (金) 16:19:53 - DNA抽出
　ゲノムDNAを精製するプロトコールでは、細胞溶解後にプロテアーゼK処理をし、フェノール処理、エタノール沈殿する場合が多いようです。

プロテアーゼK処理とフェノール処理は除タンパクが目的ですが、プロテアーゼK処理って必要でしょうか？

例えばDNA結合タンパクはプロテアーゼK処理しないと取り除けないなど、プロテーゼK処理をする積極的なメリットはあるのでしょうか？
　
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No.2681-10 - 2013/12/26 (木) 13:20:08 - DNA抽出
みなさんコメントありがとうございました。

プロKはサンプルの可溶化(e.g.,マウステイル)に必要な場合がある、また、界面活性剤だけで可溶化できた場合でもプロK処理でDNAの精製度が向上（e.g.,PFGE）することがある、と自分なりに解釈しました。

パスワード設定をしていないので"解決"とできませんが、スレを閉じさせて下さい。

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No.2681-9 - 2013/12/24 (火) 18:21:06 - 黒子
マウスtailにProKを入れ忘れてリシスすると、ほとんどtailは可溶されていなかった経験があります。

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No.2681-8 - 2013/12/23 (月) 03:34:46 - おお
フェノールやクロロフォルムも蛋白をへんせいしますからね。。。

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No.2681-7 - 2013/12/22 (日) 17:39:23 - -
いくつかの会社のサイトでは、DNA,RNA抽出時に
DNaseやRNaseを分解、不活化するためと書いてありますが・・・

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No.2681-6 - 2013/12/21 (土) 15:29:41 - み
僕の印象ではproKはmouse tail、組織（勿論、細胞でも良いけれど）などからの可溶化のために蛋白分解していて、フェノールは除蛋白のために処理していると思っている。
APさんの意見と同様、tailからだとSDSのみでは厳しいから。

要は可溶化と除蛋白の違い

(無題) 削除/引用
No.2681-5 - 2013/12/20 (金) 18:04:08 - AP
mouse tailなんかはさすがにProKなしだと厳しそう。

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No.2681-4 - 2013/12/20 (金) 17:26:05 - DNA抽出
ああさん、
プロKなしではPFGEが上手くいかないのですね。精製度を上げるのにプロK処理が役に立っていることが分りました貴重な経験談ありがとうございます。

おおさん、
コメントありがとうございます。
おおさんの記載の通りプロKの役割は”何となく”想像出来るのですが、私には明確ではありません。何となくが気持ち悪くて質問してみました。

引き続きご意見がありましたらお教え下さい。

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No.2681-3 - 2013/12/20 (金) 16:46:28 - おお
性質がちがう方法論があるとき、お互い得手不得手があるだろうというのはなんとなくおわかりかと。

フェノールなどでねんちょうなDNAの溶液の中で蛋白が沈澱あるいはあぐりげーしょんをおこして、中間層に遠心でみんなふるい落とすことができるでしょうか。などと勝手な想像をしています。

(無題) 削除/引用
No.2681-2 - 2013/12/20 (金) 16:29:23 - ああ
あくまで私個人の話です。

PCRグレードのゲノムを精製する時、以前はproKを常用していましたが
ここ最近は全く使っていません。フェノクロで処理する程度です。
大スケールの時も同様です。不都合は特に感じていません。

PFGE用のゲノムサンプルを調製する際は必ずproKを使っています。
proK等で処理しないと何故か上手くいかないので毎度使用するように
しています。

こんな感じで用途によって使い分ければいいのではないでしょうか。

DNA精製時のproK処理の意義 削除/引用
No.2681-1 - 2013/12/20 (金) 16:19:53 - DNA抽出
　ゲノムDNAを精製するプロトコールでは、細胞溶解後にプロテアーゼK処理をし、フェノール処理、エタノール沈殿する場合が多いようです。

プロテアーゼK処理とフェノール処理は除タンパクが目的ですが、プロテアーゼK処理って必要でしょうか？

例えばDNA結合タンパクはプロテアーゼK処理しないと取り除けないなど、プロテーゼK処理をする積極的なメリットはあるのでしょうか？
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