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転写速度と鎖長 トピック削除
No.2781-TOPIC - 2014/01/29 (水) 17:18:44 - mammalian
いつも役に立たせて頂いております。

首記のテーマですが、
転写および翻訳のターンオーバーは、遺伝子の鎖長によって影響を受けるものでしょうか?
具体的には、鎖長の異なる2つの遺伝子よりコードされる蛋白を作製しているのですが、遺伝子鎖長の長いものの方が発現量が極めて低い結果を得てます。一過性で遺伝子導入し、モル重量で遺伝子導入量も合わせています。

何かご存知のかたいらっしゃいましたら、ご教示ください。
また、それを支持する文献等ありましたら、URLを添付して頂けますと幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.2781-7 - 2014/01/30 (木) 17:15:41 - AP
ここでいうturnoverとは、酵素あたり何分子の反応が触媒されたかを指す「turnover number ターンオーバー数」で使われているような意味ですね。

これを代謝回転(本来、metabolic turnoverの訳語)と訳してしまうと、別の意味(Vさんの説明のような)になってしまいます。

Wikidではターンオーバー数の酵素学的用法は「代謝回転数」であるなんてかいてあるので、紛らわしいですが(この記載は正しいのか?)
http://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%82%BF%E3%83%BC%E3%83%B3%E3%82%AA%E3%83%BC%E3%83%90%E3%83%BC%E6%95%B0

(無題) 削除/引用
No.2781-6 - 2014/01/30 (木) 12:55:21 - mon
発現ベクターを2種等モル混合して遺伝子導入している、と想定します(質問文からは実験手法がわかりづらい)。
ベクターの構造が同じでコード領域のみ組み込んであるとすると、おおさんのコメントのような事か、遺伝子産物そのものの性質の違いではないでしょうか。
例えば、
少ない方の遺伝子産物1に対して、多い方の遺伝子産物が多数会合する場合、あぶれたsubunitは不安定で即刻分解されることも多いけど。
あるいは、もともと片方は非常に不安定な(分解が速い)subunitという可能性はありませんか?
(何かの刺激が入ると、例えばリン酸化やSUMO化されると、安定になるとか?)
もしかしてタグの検出感度の違いみたいなことはないですか?
単独でそれぞれ発現させても、発現量に差があるのですか?

(無題) 削除/引用
No.2781-5 - 2014/01/30 (木) 08:44:44 - V
>ターンオーバー、つまり、転写と翻訳の代謝回転ですね。

ですねって。。。。
スルーしようかと思ったけど、あんまり言い切られちゃってるんで。。。
念のため。

代謝回転っていうのは、ある分子が分解と合成速度を一定にして動的平衡状態にあることを言うんだと思うんだけど。転写や翻訳には使わない言葉だと思います。

(無題) 削除/引用
No.2781-4 - 2014/01/29 (水) 17:55:48 - mammalian
おお様

 貴重なご意見ありがとうございます。

目的遺伝子は、1.5kと0.8kですので、極端に長さに差がある、プラスミドが巨大になるということはございません。

仰せになりますように、転写後の翻訳機構(miRによるデグ)の差も考えられます。これに関しては、定量PCRで精査できます。
また、遺伝子導入時のドーズですが、グラム重量は異なりますが、添加量を統一するために、予め濃度を調製しております。

ターンオーバー、つまり、転写と翻訳の代謝回転ですね。

(無題) 削除/引用
No.2781-3 - 2014/01/29 (水) 17:38:22 - おお
>転写および翻訳のターンオーバー

ってなに?

(無題) 削除/引用
No.2781-2 - 2014/01/29 (水) 17:36:22 - おお
このくらい大きさが違うのかわからないので何ともいいようがないですが、そんな大きなもの出なければ2倍違ってもそんなに変わるかなぁってきもします。それよりも、蛋白自身の安定性などが大きく影響をうけることもまあまああるので、truncation mutantなんか作ったら、短いのが多いこともあるし、少ないこともある。
よほど極端に変化するなら、レアこどんがあるとか、miRNAのターゲットになる配列があるとか、高次構造がかんよするとか。。。

分子数であわせてトランスフェクションしたということですが、そうするとugでは違う量ということになりますよね。効率自体が変わったとかないですか。
大きいプラスみドはもしかしたら、細胞に小さいものより入りにくいかもしれませんけど、それだったら、トランスフェクションされた量ですでに差がつきますよね。

転写速度と鎖長 削除/引用
No.2781-1 - 2014/01/29 (水) 17:18:44 - mammalian
いつも役に立たせて頂いております。

首記のテーマですが、
転写および翻訳のターンオーバーは、遺伝子の鎖長によって影響を受けるものでしょうか?
具体的には、鎖長の異なる2つの遺伝子よりコードされる蛋白を作製しているのですが、遺伝子鎖長の長いものの方が発現量が極めて低い結果を得てます。一過性で遺伝子導入し、モル重量で遺伝子導入量も合わせています。

何かご存知のかたいらっしゃいましたら、ご教示ください。
また、それを支持する文献等ありましたら、URLを添付して頂けますと幸いです。

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