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Cの反復配列シークエンス トピック削除
No.29-TOPIC - 2012/01/12 (木) 14:45:02 - fire
現在、Cが15個以上繰り返す配列が存在するために、
それ以上シークエンスが読めない状況にいます。
今までシークエンスはTakaraに外注していたのですが(8or96サンプル)、
今回1チューブ単位塩基配列解析に出そうと思っています。
ただ額が高額なため慎重にしないと思っているんですが、
このようなCやGの反復配列をTakaraのサービスで読むことができた
経験のある方はいらっしゃいますか?
 
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(無題) 削除/引用
No.29-3 - 2012/01/16 (月) 13:21:13 - みとこん
私の場合は、GとCが繰り返す配列でしたが、
Macrogenという会社の、
Sequencing of difficult DNA templatesというサービス
(http://www.macrogen.com/eng/sequencing/dna.jsp)
を利用しました。

波形データが返ってきましたが、
GやCが続いたあとの配列は、波形は少し弱くなってはいたものの、
無事、読めていました。

あと、既に試されているかもしれませんが、
BetaineやDMSOなどは用いられたでしょうか?
その他、温度条件等によっても
それまで読めなかった配列が読めたことがありました。

(無題) 削除/引用
No.29-2 - 2012/01/15 (日) 21:37:49 - ~
サンプルはどういう状態なのでしょうか。
Cの数はともかく、逆から読めば、その先は分かるのでは?

Cの反復配列シークエンス 削除/引用
No.29-1 - 2012/01/12 (木) 14:45:02 - fire
現在、Cが15個以上繰り返す配列が存在するために、
それ以上シークエンスが読めない状況にいます。
今までシークエンスはTakaraに外注していたのですが(8or96サンプル)、
今回1チューブ単位塩基配列解析に出そうと思っています。
ただ額が高額なため慎重にしないと思っているんですが、
このようなCやGの反復配列をTakaraのサービスで読むことができた
経験のある方はいらっしゃいますか?

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