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(無題) 削除/引用 No.2926-10 - 2014/03/31 (月) 12:46:41 - とりあえず >[Re:7] うさんは書きました : > 他の方が既に書かれていますが、 > > 私は二言で書きます。 > > 「親株ってわかっていますか？」 > > 「ノックアウトする前とした後の比較でしょ？」 > > この意味がわからないなら（わからないから質問するのだろうが） > 何を言っても、話が通じない。 > > 造血系細胞と書いているので、プライマリーという可能性もありますけどね。 いずれにしても、情報が足らなすぎ。

(無題) 削除/引用 No.2926-9 - 2014/03/30 (日) 00:51:36 - ぺーぺー 先ず基本的な理解として、少なくとも実験科学で用いられる統計手法の多くはある集団aともう一つの集団bが同じ母集団に属しているか否かを検定するものであって、実験の因果関係を直接的に導くものではありません。従って、行った実験が複数のファクターにおいて差異が推認される場合には、その個別のファクターの何れかが実験結果に影響したのかは、実験設計によって解決しなくてはなりません。 おそらく、細胞株が三種類あって、それぞれについてノックアウトしたクローンを樹立して比較したということだと思いますが、もし、細胞株1と細胞株2の野生型と変異型を比較するというのであれば、そもそもこの２つが違う母集団（この場合細胞株）が違う事は最初からわかっているので、この比較は無意味であると言えます。 以下に課題と私が思いつく範囲の解決策を例示します。 実験ごとに手技による結果のゆらぎがあるので試行数を増やしたい。 →現在作成している株で複数の培養を行う。 遺伝子を潰したクローン間の差で結果のゆらぎがあるので試行数を増やしたい。 →複数のクローンを樹立して、また、コントロールも対応するクローニングを行いそれぞれのクローンを含む結果について比較する。 （この場合の試行数とは「クローン数」です） あとはレスキュー実験、またはクローニングしないでノックダウン的な処理の前後における変化量を比較する等が思いつきます。

(無題) 削除/引用 No.2926-8 - 2014/03/29 (土) 23:23:14 - どきん まさか、 例えば、 ノーマルなJurkatと、ある遺伝子をノックアウトしたMolt4 の比較とか こんなわけのわからん比較してないよね？ 親株と比較しなよね。

(無題) 削除/引用 No.2926-7 - 2014/03/29 (土) 22:24:28 - う 他の方が既に書かれていますが、 私は二言で書きます。 「親株ってわかっていますか？」 「ノックアウトする前とした後の比較でしょ？」 この意味がわからないなら（わからないから質問するのだろうが） 何を言っても、話が通じない。

(無題) 削除/引用 No.2926-6 - 2014/03/29 (土) 12:52:11 - おお 実験内容で必要な情報がかけているように思えますのでなんともいえませんが、、、 ノックアウトしてクローン化したのであれば、もともとの細胞がヘテロの集団とおもえば、そのヘテロの集団から一つだけピックアップしているだけで、それぞれのクローン間の差はそのヘテロな集団のなかのそれぞれの細胞の性質からきている可能性はいなめません。 3つとかそれ以上のクローンをKOやコントロールからひろい、本当にKOで増殖が変わっているといえるか見てみるのもいいかとおもいます。 あと指摘にあるようにKOの細胞にその遺伝子を発現させて、フェノタイプが正常に近づくかを見るのも手ですが、細胞内のプロモーターなどが細胞周期にタイトに制御されていたりするものであれば、発現ベクターに組み込んだプラスみドではうまく機能を再構築できないかもしれません。その場合は何か違うアプローチなども考えないといけないかもしれません。 細胞の種類とありますが、この辺は目的によっていろいろありますので、、、いろいろな細胞株をつかって普遍性があるかどうかを見たいのかとか、、、一つの細胞株をつかって複数のクローンをえて、細胞のheterogeneityによる違いを見ていることを否定したいのか、、、

(無題) 削除/引用 No.2926-5 - 2014/03/29 (土) 11:23:42 - 名無し 細胞増殖は真面目に数かぞえるのがやっぱ王道だわ。ヘモサイトメータあれば特別な機器や手技なくてもできるし。増殖曲線描いて対数増殖期で比較するのがポイント。MTT法は簡単でよく論文にも出てるけど、検出の原理を考えるとわかるように代謝の違いとかがけっこう影響することあるので薦めない。FACSもいいかもしれないけど、PCNAはいい抗体が少ないのか、免疫染色でもFACSでも検出がどうもいまひとつのようにおもうんだが。 てか３も既に疑問を呈しているように、別々の細胞って具体的にはどういうことかよくわかんないんで説明please. C-1とC-2 あるいはN-1とN-2のこの１だの２だのって、もしかして１、２は別の細胞とか？

(無題) 削除/引用 No.2926-4 - 2014/03/28 (金) 18:52:27 - 独り言 ノックアウトした細胞に遺伝子を戻して（安定的発現）レスキュー実験に一票。

(無題) 削除/引用 No.2926-3 - 2014/03/28 (金) 16:56:14 - む ちょっとよくわからないのだけれどそのノックアウトとコントロールは同じ細胞系列なんじゃないの？ 同じ細胞でないとそもそもコントロールにならないと思うのだけれど どうせN1とC1、N2とC2は同じ細胞腫なんでしょ？その二つをそれぞれ比較すればいいじゃない。N1とN2はそりゃ増殖は違うだろうけど、ノックアウトとコントロールで差が出ればいいだけでしょうに

(無題) 削除/引用 No.2926-2 - 2014/03/28 (金) 15:19:33 - とりあえず 1. 増殖曲線を描く（倍加時間が求められる） 2. BrdU/EdUで処理した細胞をFACSで解析（S期の細胞の割合がわかる） 3. Ki67 (G1-M）、PCNA（S期）、phospho-histone H3 (Ser10: M期）で染色してFACS 4. 遺伝子Aを強制発現させてレスキューおよび増殖誘導をしらべる

細胞増殖についての評価 削除/引用 No.2926-1 - 2014/03/28 (金) 14:08:24 - ran 細胞増殖についての評価で質問があります 現在、ある遺伝子（A遺伝子とします）をノックアウトさせた細胞と、コントロール細胞を用いて、増殖に差があるのか実験を行っています。 ノックアウト細胞・・・N-1細胞、N-2細胞 コントロール細胞・・・C-1細胞、C-2細胞 上記のように、それぞれ２種類ずつ細胞を用意して増殖能を検討したのですが、「遺伝子の発現云々でなく、単に細胞の性質なのでは？」とご指摘をいただきました。 確かに、細胞間で増殖が違うのは当然のことと思います。 では、A遺伝子をノックアウトさせたものとコントロール細胞で増殖に違いがあると証明するには、どうしたらよいでしょうか。（ちなみに、造血系細胞です） 細胞の種類を増やすにも、３種類ずつしかないので、ふやせてもあと１つだけです。 なにかアドバイスありましたら、よろしくお願いいたします。

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