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標識プライマーの放射活性 トピック削除
No.2930-TOPIC - 2014/03/29 (土) 04:58:46 - がんま
合成オリゴの5末端をガンマ32Pでリン酸化標識して、プライマー伸張法をしています。

些細な違いかもしれませんが
1.フレッシュ(購入直後)なアイソトープで標識し、その後-80Cで1ヶ月保存していたプライマー
2.購入後1ヶ月たったアイソトープ(その間、使用時以外は-80Cで保存)で標識されたプライマー
の、どちらの方が感度が高いでしょうか。

物理的に考えて/経験によると
どのようなものでも構わないので、ご意見お願いいたします。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.2930-3 - 2014/03/31 (月) 10:11:48 - がんま
APさま

ありがとうございます。
わかりやすい解説で、大変参考になりました!

頂いた回答(未崩壊のものが有利に取り込まれる)に基づけば、
2.のほうがかなり感度がよくなりそうですね。
サボらずにまた標識から始めようと思います。

>放射線による影響でプライマー自身の分解が起こります。
なんとなく、このようなことが起こりそうだなぁとは思っていたのですが
学が浅く、また特に確認もせず過ごしていました。

また何か質問・疑問が生じたときには、
知恵を拝借させていただけると幸いです。

(無題) 削除/引用
No.2930-2 - 2014/03/29 (土) 09:07:28 - AP
2の方だと思います。

32Pは一ヶ月で2回の半減期を経ることになり、崩壊すると安定同位体の32Sになります。
標識プライマーは一ヶ月の間に放射活性が1/4になります。また、放射線による影響でプライマー自身の分解が起こります。

gamma-32P-ATPも一ヶ月の間に崩壊して、3/4がgamma-32S-ATPになるはずだと思いますが、gamma-32S-ATPはgamma-32P-ATPに比べると、はるかにT4 kinaseの基質になりにくいので(gamma-35S-ATPで標識することも出来るので、まったく基質にならないわけではないようですが)、未崩壊のgamma-32P-ATPが選択的に基質として使われることになると思います。

標識プライマーの放射活性 削除/引用
No.2930-1 - 2014/03/29 (土) 04:58:46 - がんま
合成オリゴの5末端をガンマ32Pでリン酸化標識して、プライマー伸張法をしています。

些細な違いかもしれませんが
1.フレッシュ(購入直後)なアイソトープで標識し、その後-80Cで1ヶ月保存していたプライマー
2.購入後1ヶ月たったアイソトープ(その間、使用時以外は-80Cで保存)で標識されたプライマー
の、どちらの方が感度が高いでしょうか。

物理的に考えて/経験によると
どのようなものでも構わないので、ご意見お願いいたします。

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