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mtDNAのmRNAの配列 トピック削除
No.2950-TOPIC - 2014/04/08 (火) 22:02:05 - my
mtDNA初心者で申し訳ございません。
RatのmtDNAのmRNAの配列をNCBIで検索しましたが、配列が表示されません。
RatのmtDNA、例えばMT-ND6などのmRNAの配列はどのように検索、または情報収取すればよろしいでしょうか。
よろしくお願いします。
 
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No.2950-10 - 2014/04/11 (金) 11:23:23 - my
勉強不足でご迷惑おかけします。ありがとうございます。
また、mtDNAを解析するにあたり推奨されている標準(補正)はあるのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.2950-9 - 2014/04/11 (金) 00:08:30 - おお
http://useast.ensembl.org/Rattus_norvegicus/Transcript/Sequence_cDNA?db=core;g=ENSRNOG00000029042;r=MT:13543-14061;t=ENSRNOT00000051268

どの様にして決めてるかわからないので確認する必要があるかもしれませんが、、、

(無題) 削除/引用
No.2950-8 - 2014/04/09 (水) 14:16:53 - mon
mitochondria ゲノム上にコードされる遺伝子ってイントロンが無いから、タンパクコード部分でprimer設計するしかないと思う。

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No.2950-7 - 2014/04/09 (水) 12:45:17 - my
ご指摘ありがとうございます。内容が曖昧で申し訳ございません。
mtDNAのmRNAの発現量を確認したく思い、プライマー設計のためにmRNAの配列が知りたいのです。

(無題) 削除/引用
No.2950-6 - 2014/04/09 (水) 10:52:10 - mon
もしかして、mRNAのUTRの情報が欲しいのでしょうか?
mitochondria遺伝子だとpolyAとかないし、mRNAは誰もシークエンスしていないのでは?
もしかするとヒトの配列はあるかもしれないので、それから類推するしかないかも。
あるいは自分でRACE等を使って読むか??

(無題) 削除/引用
No.2950-5 - 2014/04/09 (水) 10:45:42 - mt
NCMIじゃなく、NCBIです

(無題) 削除/引用
No.2950-4 - 2014/04/09 (水) 10:44:08 - mt
上から下までよーく見てみるとみつかるはずだけど。
NMじゃなくて、NCだけど。

NCMIのGeneで検索するときに、"Rattus norvegicus"だけ入力して検索して、"Gene sources" のところで、"Mitocondrial"を選択すれば、全部見えるみたいですよ。

(無題) 削除/引用
No.2950-3 - 2014/04/09 (水) 06:50:53 - my
申し訳ございません。
mRNAの配列はどこに記載されているのでしょうか?
核遺伝子であればNMのリンクがあるのですが…

(無題) 削除/引用
No.2950-2 - 2014/04/09 (水) 06:35:50 - mon
GENE=NADH dehydrogenase 6 mitochondrial Rattus 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/26203

mtDNAのmRNAの配列 削除/引用
No.2950-1 - 2014/04/08 (火) 22:02:05 - my
mtDNA初心者で申し訳ございません。
RatのmtDNAのmRNAの配列をNCBIで検索しましたが、配列が表示されません。
RatのmtDNA、例えばMT-ND6などのmRNAの配列はどのように検索、または情報収取すればよろしいでしょうか。
よろしくお願いします。

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