はじめまして、こんにちは。
最近Taqman法によるリアルタイムPCRを始めたのですが、蛍光色素の選択について疑問がありますので質問させていただきます。
われわれの研究室では、以前から、目的の遺伝子のプローブに6-FAMを、インターナルコントロールのプローブに5-HEXを、レポーター色素として使用しています。
これらを、1本のPCRチューブ内で同時に発現解析しています。
クエンチャーはいずれもTamraで行っています。
6-FAMは励起波長492nm, 蛍光波長510nm、HEXは励起波長535nm, 蛍光波長556nmで比較的波長が近く、蛍光がもれこみやすいのではと思うのですが、もう少し遠い波長同士に変えた方がいいのでしょうか。
フローサイトメトリーのcompensationのような初期設定が必要とされるのでしょうか。
実際に先日、目的の遺伝子（FAM）のみを解析したとき、HEXを見るためのYellowチャンネルでも、わずかながら発現が上昇しているような曲線が観察されました。
また、HEXと一緒に用いるレポーター色素で代表的なものがありましたらご教示いただけますと幸いです。
ちなみに用いているPCR機械は、corbettのRotor-Gene-6000で、
解析可能なチャンネルは、
Green 470nm, 510nm
Yellow 530nm, 555nm
Orange 585nm, 610nm
Red 625nm, 660nm
Crimson 680nm, 710nm
HRM 460nm, 510nm
です。
よろしくお願いいたします。
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