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サザンのバンド検出 トピック削除
No.330-TOPIC - 2012/03/22 (木) 18:49:43 - サザンオヤジスターズ
現在、ノックアウトマウスを作製しており、組み換え体の検出を
サザンブロットでしています。

組み換え体のESは、容易にバンドを検出できるのですが、
ノックアウトマウスのTailからゲノムを抽出してサザンブロットを
すると、バンドが全くでません。
Tailからフェノクロを使ってゲノムを抽出しているのですが、
ゲノム量は十分にあるのにバンドがなぜか何もでません。
このような体験をされた方っておられますか?
何が原因なのかさっぱり分かりません。

余談ですが、他の遺伝子のノックアウトマウスだと、Tailから
同様のゲノム抽出法でサザンのバンドが確認できました。
なので、抽出方法には問題ないと考えています。
 
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(無題) 削除/引用
No.330-3 - 2012/03/23 (金) 10:42:17 - Q
>ノックアウトマウスのTailからゲノムを抽出してサザンブロットを
すると、バンドが全くでません。

>余談ですが、他の遺伝子のノックアウトマウスだと、Tailから
同様のゲノム抽出法でサザンのバンドが確認できました。
なので、抽出方法には問題ないと考えています。

総合すると、ノックアウトマウスではないのでは?

(無題) 削除/引用
No.330-2 - 2012/03/23 (金) 10:19:09 - ~
ES細胞由来のゲノムDNAとノックアウトマウス由来のDNAは、同じメンブレンに乗っているのでしょうか?
また、再現性がある現象なのでしょうか?
それと、キメラではなくノックアウトマウスになっているのですよね?

Tm値とインキュベート温度があまりあっておらず、それが検出される時とされない時の境目になっている?

サザンのバンド検出 削除/引用
No.330-1 - 2012/03/22 (木) 18:49:43 - サザンオヤジスターズ
現在、ノックアウトマウスを作製しており、組み換え体の検出を
サザンブロットでしています。

組み換え体のESは、容易にバンドを検出できるのですが、
ノックアウトマウスのTailからゲノムを抽出してサザンブロットを
すると、バンドが全くでません。
Tailからフェノクロを使ってゲノムを抽出しているのですが、
ゲノム量は十分にあるのにバンドがなぜか何もでません。
このような体験をされた方っておられますか?
何が原因なのかさっぱり分かりません。

余談ですが、他の遺伝子のノックアウトマウスだと、Tailから
同様のゲノム抽出法でサザンのバンドが確認できました。
なので、抽出方法には問題ないと考えています。

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