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Cloneのisolationのタイミングについて トピック削除
No.3395-TOPIC - 2014/09/23 (火) 06:50:24 - okam
大変お世話になっております。
現在CRISPR/Cas9システムを用いてエピトープタグのknockinを試みております。knockinが上手く行われた細胞をクローン化して後の実験に
用いようと考えております。

Cas9-2A-mCherryというコンストラクトを用いており、
Cas9タンパクの発現とともなってmCherryタンパクも発現するため、
トランスフェクションされた細胞をmCherryを指標にソートすることが可能です。トランスフェクション後24時間程度にFCMで直接シングルセルとして分取することも可能なのですが、その分取後に、細胞分裂そして一過性発現しているCas9によって何らかの切断が起こり、分取した細胞が再びヘテロなゲノム編集を受けた集団になってしまうことを危惧しております。
やはり、mCherryの発現を指標にプールとしてトランスフェクションされた細胞を集め、1週間程度維持し、完全にCas9、mCherryの一過性発現がなくなったと考えられるタイミングで別途、シングルセル化すべきなのでしょうか?

似たようなご経験のある方がいらっしゃいましたら、何卒、
ご教授いただきたく思います。
よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.3395-3 - 2014/09/26 (金) 06:42:54 - okam
おおさん、早速のご指摘ありがとうございます。

>[Re:2] おおさんは書きました :
> いろいろ突っ込みどころがあるのですが、どちらかというと発現が収まってからの方がその視点ではいいというのは間違えではないとおもいますが。ただしその理屈でいくと同じところがcas9でやられている細胞集団はをとってきてしまっている可能性はあると思いますが、それはいいのでしょうか。そう言う意味では偏った細胞集団ですよね。

たしかにoff target効果として、Cas9により切断される箇所がランダムである以上、私のやり方ではそういった箇所に生じた変異ついてはある意味偏った、細胞集団になるかもしれません。しかし、現在は、自らのtargetに生じている変異・エピトープタグの挿入に関しての均一性を優先した集団を得たいと考えております。やはり、Cas9の発現が収まってからの方がそれ以降にCas9による新たな切断が起きないという点では、均一な集団がとれそうですよね。

> また、細胞株であれば、染色体がすでにdiploidでないものも多く安定化してないので、singleでとってもヘテロの状態で増えてくるものはおおいとおもいます。ESやECになるとそうともいえませんけど。

これは全く考えていませんでした。もちろん標的のlociを含んだ一般的な話だと思われますが、細胞株によっては、single cellから増やしても均一な集団にならない可能性もあるということですね。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.3395-2 - 2014/09/24 (水) 05:41:55 - おお
いろいろ突っ込みどころがあるのですが、どちらかというと発現が収まってからの方がその視点ではいいというのは間違えではないとおもいますが。ただしその理屈でいくと同じところがcas9でやられている細胞集団はをとってきてしまっている可能性はあると思いますが、それはいいのでしょうか。そう言う意味では偏った細胞集団ですよね。

なぜcas9とかがひつようなのか、蛍光タンパク質だけであればそんなことを考えないでもいいのにともおもいますし、

CRISPRがあっても20-30%とかじゃなかったかなということは、CRISPRなしでどれだけランダムなことが起こっているのかとも思えるわけで、、、まあ危険性が否定できるわけでもないですけど。

また、細胞株であれば、染色体がすでにdiploidでないものも多く安定化してないので、singleでとってもヘテロの状態で増えてくるものはおおいとおもいます。ESやECになるとそうともいえませんけど。

Cloneのisolationのタイミングについて 削除/引用
No.3395-1 - 2014/09/23 (火) 06:50:24 - okam
大変お世話になっております。
現在CRISPR/Cas9システムを用いてエピトープタグのknockinを試みております。knockinが上手く行われた細胞をクローン化して後の実験に
用いようと考えております。

Cas9-2A-mCherryというコンストラクトを用いており、
Cas9タンパクの発現とともなってmCherryタンパクも発現するため、
トランスフェクションされた細胞をmCherryを指標にソートすることが可能です。トランスフェクション後24時間程度にFCMで直接シングルセルとして分取することも可能なのですが、その分取後に、細胞分裂そして一過性発現しているCas9によって何らかの切断が起こり、分取した細胞が再びヘテロなゲノム編集を受けた集団になってしまうことを危惧しております。
やはり、mCherryの発現を指標にプールとしてトランスフェクションされた細胞を集め、1週間程度維持し、完全にCas9、mCherryの一過性発現がなくなったと考えられるタイミングで別途、シングルセル化すべきなのでしょうか?

似たようなご経験のある方がいらっしゃいましたら、何卒、
ご教授いただきたく思います。
よろしくお願いいたします。

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