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(無題) 削除/引用 No.3463-5 - 2014/10/16 (木) 13:39:19 - サンショウウオ PyRx（AutodockVina）というソフトを使って、分子ドッキングシミュレーションソフト使っているのですが、そのソフトの妥当性を判断するときに、自分でPDBのビオチンストレプトアビジン相互作用とカフェイン-受容体などを再現しようとしてみた結果。 ・バインディングサイトの予測：結合位置は大体あっている ・バインディングサイトに結合したリガンド-タンパク質間の相互作用：半分ぐらい再現出来ているが、少しおかしい。（半分ぐらい再現できない水素結合がある） →小分子がタンパク質に結合するポケットの予測には使えるが、小分子と相互作用するキーとなるアミノ酸の同定には使いづらいソフトだと思いました。 困ってますさんがやりたいことをやるとしたら。。。 １，小分子のPDBファイルライブラリをChemDrawとChem3Dなどを使ってつくる。 ２，リガンドに小分子ライブラリ、ホストに対象とするタンパク質のPDBファイルを指定して計算実行。 ３，並列計算してくれるので（８CPUまで認識するのは確認しました。）、2.2GHz×２CPU（ノートパソコン）なら１分子あたり3〜8分あれば終わります。数百分子なら、1日もあれば計算結果が出るでしょう。 Ver0.8は無料なのですが、複数のリガンドファイルを指定できない（回避法はあるが面倒くさい上に不確実）バグがあるので。最新版のほうがいいかもしれません（バグが治っているかは確認していません。）。 PyRx0.9.2 http://pyrx.sourceforge.net/downloads もしよろしければご参考まで

タミフル 削除/引用 No.3463-4 - 2014/10/16 (木) 13:30:27 - 774R 本来の基質との結合が構造で分かっていれて、そこから分子を改変するときにコンピューターを使ってデザインした例ならあったと思います。

(無題) 削除/引用 No.3463-3 - 2014/10/16 (木) 13:12:16 - cDNA やってる人はいますよ。成果については私には分かりませんが。 理研だとこのあたりかな http://www.riken.jp/research/labs/clst/struct_synth_biol/bio_funct_mol_dev/

(無題) 削除/引用 No.3463-2 - 2014/10/16 (木) 13:05:13 - おお そう簡単じゃないですねぇきっと。スーパーコンピューターがいるのでは。理研の京とか。。。あとグリッドコンピューティングとか。。。 あとこんなのあるけど ttp://www.molfunction.com/jp/software5.htm くわしくはわかりません。

ドラッグデザインについて 削除/引用 No.3463-1 - 2014/10/16 (木) 12:17:30 - 困ってます バイオインフォマティクスど素人です。 例えば、配列も３D構造もわかっている標的タンパク質があったとします。その場合、アミノ酸配列のこの部分、このあたりに結合できるような物質を探したい！ということは、可能なのでしょうか？？ タンパク質間相互作用の阻害薬を見つけたいと思っているのですが、手当たりしだい薬剤を振りかけるよりは、in silico である程度　目処をつけることは可能なのかどうかご教授いただければと思います。どうぞよろしくお願いいたします。

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