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(無題) 削除/引用 No.3471-4 - 2014/10/21 (火) 17:26:54 - だいち コメントありがとうございますm(_ _)m 入手したユーカリオートの配列はバクテリアと類似しているものが多いことから、ご指摘通りミトコンドリアの配列が混ざっていると思いました。 この配列はゲノムネットのKEGG ORTHOLOGYでribosomal protein L2で検索し入手、BLASTで類似配列を出して、マルチプルアライメントしたのですがミトコンドリアの遺伝子を除いて配列を得たりすることは可能でしょうか？ ユーカリオートの配列でバクテリアに似た配列と似ていない配列にわけて考察しようと思いましたが、ほとんどがミトコンドリアの配列も混ざってるように見えます。 また申し訳ないのですが、どうかご指摘よろしくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.3471-3 - 2014/10/21 (火) 02:43:04 - 橘 どうしてそうなるのかも含めての課題でしょう? 自分で考えなくてどうするんですか。 まぁヒントだけ。 データに問題があってその系統樹が間違っている、というのが一つの可能性。 もう一つは、データは正しいが、そのような結果をもたらすメカニズムがある可能性。 おそらくその両方でしょうが、得られた結果を正直に書いて、上記の可能性をもたらす原因に何があるかを考察すればよいでしょう。

(無題) 削除/引用 No.3471-2 - 2014/10/20 (月) 21:39:30 - qw mitochondrial ribosomeのL2を見ていませんか？

ClastalWなどを用いた配列の比較 削除/引用 No.3471-1 - 2014/10/20 (月) 16:02:53 - だいち こんにちは。 生物学初心者で読みにくい点があると思いますが、どうかよろしくお願いします。 授業でユーカリオートはアーキアから進化したという論文を読んで、リボソームタンパク質の配列を用いてそれが言えるかどうかを確かめる課題がでました。 まずゲノムネットでL2というリボソームタンパク質をもつ生物の配列1つをBLASTにかけ、表示される類似配列でL2を持つ配列にチェックを入れて、clastalw, mafft,muscleで調べました。 ここでユーカリオートはアーキアの特にクレンアーキオータに似た配列が得られると予想していましたが、まったく類似性がみられません。 またユーカリオートの配列にはむしろバクテリアに似たものも一部あったりとあり得ないことになってます。 系統樹を作成してもまずユーカリオート、バクテリア、アーキアの3つのドメインに分かれずバラバラです。 原因はなんでしょうか？？ ご指摘する点が数多くあると思いますがどうかよろしくお願いします。

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