Bio Technical フォーラム

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大量のgene symolを一般名に変換するフリーソフトなど トピック削除
No.3538-TOPIC - 2014/11/12 (水) 16:20:49 - はな
どうぞよろしく御願いします。

次世代シーケンサーを用いたRNA-seqで得られた結果に、大量のgene symolがあります。

これを全て、一般名に変換するフリーソフトやウェブは無いでしょうか?
 
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No.3538-6 - 2014/11/13 (木) 17:21:10 - はな
情報をいただいた皆様、ありがとうございました。

参考にいたします。

(無題) 削除/引用
No.3538-5 - 2014/11/13 (木) 10:58:19 - col
biomartとか、そのあたりからGene symbolとGene nameのリストを出してきて、自分のSequenceデータをRやPerlやらそのあたりのソフトでMargeさせると良い、と思う。

(無題) 削除/引用
No.3538-4 - 2014/11/12 (水) 17:51:44 - han

www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2012/biotechforum.cgi?start=1;mode=view;Code=3266

(無題) 削除/引用
No.3538-3 - 2014/11/12 (水) 16:42:08 - おお
ttp://david.abcc.ncifcrf.gov/home.jsp


ここで何とかなるんじゃないか。遺伝子名からマイクロアレーのプローブのIDまで変換してくれるので。

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No.3538-2 - 2014/11/12 (水) 16:37:54 - seven
結果のファイルやsymbol−一般名の対応表のファイル形式などがわからないと答えにくいです。
内容によりますが自分でプログラムがかけるなら簡単な部類なので情報系の知り合いがいれば頼んでみるのが早いとおもいます。

大量のgene symolを一般名に変換するフリーソフトなど 削除/引用
No.3538-1 - 2014/11/12 (水) 16:20:49 - はな
どうぞよろしく御願いします。

次世代シーケンサーを用いたRNA-seqで得られた結果に、大量のgene symolがあります。

これを全て、一般名に変換するフリーソフトやウェブは無いでしょうか?

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