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(無題) 削除/引用 No.3541-4 - 2014/11/13 (木) 16:15:34 - おお んEnsembleのgraphicを見てということならスプライシングバリアントと言うことかな。 NMDがかかるバリアントはとりあえず無視してもいいと思えます(特別な場合はありますが)。分解されて発現はほとんどしてませんので。 バリアントでCDS完全に一致しているものは、同じ蛋白を合成するので、そう言う意味では区別する必要はないでしょう(もちろんRNAのスプライシングや転写開始、polyA付加位置などに興味があるならその限りではありません)。 splicing variantsいがいにもアクチンであれば非常に似た遺伝子がゲノムの多数存在するので、それに対して特異性のあるプライまーを作ることも必要になるでしょう。

(無題) 削除/引用 No.3541-3 - 2014/11/13 (木) 15:51:02 - seven 目的がわからないのですがqPCRですか？ 解析手法によって気をつける点も変わってくるので出来る限り細かく情報を出したほうが良いです。

(無題) 削除/引用 No.3541-2 - 2014/11/13 (木) 15:03:01 - おお >[Re:1] たろうさんは書きました : > 分子量200前後のPrimerを設計しようと考えているのですが、ゲノムのどこの部位を取っていいのか具体的な設計方法を知りたいです。 1 baseでも分子量300以上ありますが、、、PCR product長さでしょうか... genomeのどこをとるといわれても、、、RTPCRだったらexonだし、、、genomeから増幅したいのだったら別にexonでなくていいし、、、 > > 例えば、Mus musculus actin, beta (Actb), mRNAの場合であれば > Nucleotide>Graphicsで見ると、多少の遺伝子の相同性はあると思いますが、この場合相同性が一番少なそうなExon:1..73およびExon74..202上にR,Fのプライマーを設計するようにすればいいのでしょうか？ 特に決まりはないですけど、、、poly AからRTするんであればなるべく後ろの方がいいでしょうけど。あとはexonがslicing variantsでどの様につかわれているか見る必要はあると思いますが。 > バリアントを含まないように作製すると学習したのですが、どこの部分でも相同性ができてしまうように感じて困っています。 このバリアントは、パラログのことをいっているのでしょうか。3'側が2ベースほど違えば(理屈では1ベース)、proofreading活性のない酵素では増えてこないですよ。 > > 実際にPrimer3の使い方および相同性の確認などは行い方がわかるのですが、Exonが複数ある場合バリアントを考慮するためにどこの部分を見ていいのか今一理解ができてなくご教授いただきたいです。 ちょっと具体的に言い換えていただけませんか。よくわかりません。 > > > それぞれからNucleotideの場合、Exon間のIntronの長さというのは見れるのでしょうか？ 配列が読まれているモデル生物などでは、すでに配列があるわけですし、わかりますよ。Ensembleはエクソンとエクソン近傍のイントロンのはいれつ、あとゲノムでのイントロンの位置をbpで表示してくれているので、引き算すればでてきますよね。 > > 今、Nucleotideで何番目のExonとExonの間に作るというのを確認した後Ensembleに戻りIntronの長さを確認しているのですが、Nucleotideのこの方法ではExon番号の記載がなくまたNucleotideとEnsembleでのLocationの表記の仕方が異なるのでExonが複数ある場合困っています。 ん、EnsembleでエクソンのIDが複数あるってことかな。。。 ttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ こっちの方が使いやすいかもしれませんよ。プライまーも配列入れないで設計させることもできるはずだし、その配列をRefSeqのデーターベースにあててノンすぺをふくめ増幅されそうなものを拾ってくれるし。 あとはメーカーが設計したprimer setを使えば設計で悩む必要はないですね(ご自身で確認はした方がいいでしょうけど)。

NucleotideおよびEnsembleを用いたPrimer設計 削除/引用 No.3541-1 - 2014/11/13 (木) 11:48:31 - たろう 分子量200前後のPrimerを設計しようと考えているのですが、ゲノムのどこの部位を取っていいのか具体的な設計方法を知りたいです。 例えば、Mus musculus actin, beta (Actb), mRNAの場合であれば Nucleotide>Graphicsで見ると、多少の遺伝子の相同性はあると思いますが、この場合相同性が一番少なそうなExon:1..73およびExon74..202上にR,Fのプライマーを設計するようにすればいいのでしょうか？ バリアントを含まないように作製すると学習したのですが、どこの部分でも相同性ができてしまうように感じて困っています。 実際にPrimer3の使い方および相同性の確認などは行い方がわかるのですが、Exonが複数ある場合バリアントを考慮するためにどこの部分を見ていいのか今一理解ができてなくご教授いただきたいです。 それぞれからNucleotideの場合、Exon間のIntronの長さというのは見れるのでしょうか？ 今、Nucleotideで何番目のExonとExonの間に作るというのを確認した後Ensembleに戻りIntronの長さを確認しているのですが、Nucleotideのこの方法ではExon番号の記載がなくまたNucleotideとEnsembleでのLocationの表記の仕方が異なるのでExonが複数ある場合困っています。

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