Bio Technical フォーラム

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全長PCR トピック削除
No.3870-TOPIC - 2015/02/18 (水) 15:17:42 - PCR
ある組織で発現しているmRNAの全長を知るため、PCRをやろうとしています。
長さは1500bpです。

全長PCRでは5'側や3'側からのプライマーの最初の配列が決まっているので、
それぞれのプライマーの長さを変えてTM値を調整するしかないでしょうか?
 
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全長を知るとは? 削除/引用
No.3870-3 - 2015/02/22 (日) 18:37:56 - ~
全長を知りたいということは、配列が未知で、
RACE法などでアダプターをつけてそれをプライマーにするのでは?

全長の配列が既知で、それがPCRで増えるかを確認したいのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.3870-2 - 2015/02/18 (水) 16:26:47 - おお
30mer前後にするとそんなにTMに捕らわれずにPCRしやすくなります。long PCRのシャトルの条件でやってみるといいでしょう。
どうしてもかからないなら最初一番外側でプライまーをつくり、10cycleぐらいのpcrをして、バンドが見えなくてもいいから、そのPCR 溶液を微量とって、若干内側にずらしたりしたプライまーでもう一度PCRするnested PCRという方法もあります。

全長PCR 削除/引用
No.3870-1 - 2015/02/18 (水) 15:17:42 - PCR
ある組織で発現しているmRNAの全長を知るため、PCRをやろうとしています。
長さは1500bpです。

全長PCRでは5'側や3'側からのプライマーの最初の配列が決まっているので、
それぞれのプライマーの長さを変えてTM値を調整するしかないでしょうか?

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