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(無題) 削除/引用 No.4008-3 - 2015/04/14 (火) 02:34:01 - 橘 定番はTrimmomaticかcutadaptじゃないでしょうか。 http://bi.biopapyrus.net/transcriptome/qc/ ただ、この程度の質問をするレベルであれば、専門家に相談する方がいいと思います。 学生さんで、時間があるのなら今から勉強すればいいですけど。

(無題) 削除/引用 No.4008-2 - 2015/04/13 (月) 18:58:10 - AP 使用している機器・ソフトウェアの供給元の技術担当に聞くのが一番だと思います。 どういう装置で行なって、どういうデータ処理をするつもりで、付属のソフトでどの程度まで処理できるのか、手元にあるデータはどういう形のものか、なんかがわからないと、なんとも言えませんが、 NGSの1 runで一種類のプライマーだけしか使わないということはなくて、サンプルごとに異なるプライマーで反応したものを混合して行なうこともあります。そのため、あとでマスクするプライマー配列を複数登録しておくという機能は組み込まれているんじゃないかと思いますが、どうですか（ひょっとすると、linux上の設定ファイルとかを書き換えるとかかも）？

プライマー配列の削除の仕方 削除/引用 No.4008-1 - 2015/04/13 (月) 18:18:44 - Smith 次世代シーケンサーで読まれた配列からプライマーを削除したいのですが，プライマー配列部分に挿入欠損が見られるため上手くいきません． 下に例を示します． 配列1：TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA AAATAG 配列2：TAAACTTCAGGGTGACCAAAAATCA AAATAG … (TAAACTTCAGGGTGACCAAAAAATCA：プライマー，スペース以降：対象領域) というような配列が得られたのですが，プライマー配列に欠損がある配列2の場合に，プライマーミスマッチを5bpまで許容する設定にして削除を行うと，下のようになってしまいます 配列1：AAATAG 配列2：AATAG 対象領域の塩基を削除してしまわないようなソフトはありますでしょうか

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