BioTechnicalフォーラム [EtOH沈殿における酢酸ナトリウム]

EtOH沈殿における酢酸ナトリウム

No.4045-TOPIC - 2015/04/22 (水) 18:20:54 - 薬学生です

はじめまして。

とても初歩的な質問なのですが、EtOH沈殿において使用する酢酸ナトリウムを、誤ってpH4.3のものを使用してしまいました。
このような場合なにか支障は出ますでしょうか？

pHが高いときには分解してしまうのは知ってますが、pHが低いとどのようなことが起こるのかが分かりません。

ご協力お願いします。
　

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No.4045-5 - 2015/04/23 (木) 16:40:34 - AP

EtOH pptに使用するNaOAcはpH 5.2や4.8, 4.5、あるいは7.0など、場面によって、あるいは本によって異なる記述が見られます。まあ、どれを使っても核酸の回収には大差ありません。
しかし、pH 5前後の3 M NaOAcは結構作るのが難しくて、酢酸が終体積の半分くらい必要で、pHが下がりきらなかったりボリュームをオーバーしてしまうこともしばしば。pH 4.3って相当なもんです。

ひょっとするとRNA精製のAGPC法に使うためのものでしょうかね。教科書的には2 M NaOAc, pH 4.0というのを使うようですが。AGPC法ではpH 4.0のバッファー、フェノールでRNAを抽出します。より加水分解を受けやすいRNAでも大丈夫なわけですし、RNAを含む水層を回収したあとのフェノール層からDNAを回収する方法もあります。つまり、pH 4.0であるがために、核酸が分解する心配はないだろうということ。

ちなみに、例えば0.2 M HClのような強い酸性条件では脱プリン反応、それに続く骨格の加水分解で核酸の断片化が起こります。

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No.4045-4 - 2015/04/23 (木) 10:03:31 - おお

あ、ただしサンプルに共存している夾雑物があるとしたなら、その夾雑物の挙動は保証できません。

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No.4045-3 - 2015/04/23 (木) 09:20:04 - おお

たかいpHといっても、分解を気にするほどのpHでもなかろうとおもいますけど。。。

それとRNAとDNAでもpHに対する挙動はちがいますから。

酢酸ナトリウムで使っているpHのレンジではまず大丈夫だとおもいます。

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No.4045-2 - 2015/04/23 (木) 09:10:59 - T-2

不特定の人の意見を鵜呑みにしてそのまま実験を進めるのですか？
おそらく大丈夫だと思いますが、指導の先生（先輩）に
どのように説明するのですか？
まずは間違ってしまったことを報告すべきです。
そして指導教官の指示を仰ぎましょう。
報連相ですね。社会に出てから重要ですよ。