おおさんありがとうございます！
昨日Journalクラブは終わってしまいましたが、なぜmRNAが下がるのかということについては質問されることなく淡々と過ぎて行きました•••イントロンは調べていないようでしたね。エクソームシークエンスでした。プロモータも調べられていないと思います。
cycloheximideで処理するというのは論文ではやられていなかったですね。NMDではないだろうからというのが根拠かもしれません。
おおさんのコメントで驚いたんですが、この論文中の患者さんのミス変異はエクソンの真ん中当たりにあって、スプライシングに影響するようなところとは思えないんです。
【いくらかの疾患で変異のある遺伝子のなかで、アミノ酸が変化しないものなどが見つかっています。しかしながらその変異の箇所がpre-mRNAのスプライシング異常を起こすため、NMDにより排除されてmRNAの発現量が落ちてしまうという報告がけっこうあります。その様な報告の中には変異がアミノ酸置換を起こすが、その影響よりむしろNMDの影響のを受けているというものもあるという例もpublishされています。】Journal clubは終わってしまいましたが、気になるのでもしご存知でしたら教えてください！おおさんのご存知の例というのはスプライス部に近い変異を持つような場合にはNMDが起こるという事で、論文のようにエクソンの真ん中あたりのミス変異はおおさんのご存知の仕組みでは説明できそうになさそうでしょうか？
スプライシングに影響を与えそうにないところでもmRNAの減少が見られるということは、やはりNMDではないんじゃないかな？と思っています。codon usageについてもその論文では触れられていませんでしたが、relative codon usageはWTが46%に対して、ミス変異だと16%になっていました。つまりミス変異のコドンはレアコドンということになりますね。MDRのサイエンスの論文でも同じような頻度のreductionでもfoldingに影響がありそうでしたし、mRNAレベルでもinstabilityの影響を受けるかもしれませんね。 |
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