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基準はない 削除/引用 No.4082-2 - 2015/05/08 (金) 17:27:47 - 橘 今のところ決まった基準はありません。 私の以下の論文では、各問い合わせ配列ごとに最適な基準を推定します。 http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0076910 既存の配列データが十分に登録されている(未記載種存在せず全種登録済み)分類群では、最も類似する配列と同種とみなしても問題はないでしょう。 論文中では1-NN法と呼んでいます。 プログラムの使い方は http://www.fifthdimension.jp/documents/metabarcodingtextbook/ に置いてあるPDF・EPUB・mobiファイル(Kindle用)で説明してあります。 これによく似たNGSデータ処理から分子同定まで入っているパッケージとしては、mothurとQIIMEがよく使われています。 ただし、これらは微生物しか想定していませんので、分子同定の部分は使えないでしょう。

DNAバーコーディングについて 削除/引用 No.4082-1 - 2015/05/08 (金) 15:52:13 - John 次世代シークエンサーで得られたCOI領域の配列(平均300bp)をDNAバーコーディングによって同定したいと思います． 配列の一致度やE-valueで一定の閾値を決めて，正確に同定されているかを判断すると思うのですが，どんな値がよいとされているのでしょうか． よろしくお願いします．

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