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化学構造からの薬理動態推定 トピック削除
No.4150-TOPIC - 2015/06/02 (火) 16:41:20 - あどめ
はじめまして、生物系学科の学部生です。

薬剤の候補となる化合物を培養細胞に添加して反応を見る実験をしています。
そこで、化合物が細胞にどのように働いているのか気になりだしました。例えば、細胞表面の受容体に結合するのか、細胞内に入って行くのかなどということです。化合物の構造から推定できれば楽だなと思ったのですが、化学を勉強したことがないのでわかりません。

化学に詳しい方がいらっしゃれば、化学構造からどの程度の情報を得られるのか簡単に教えてください。素人質問で申し訳ありませんがよろしくお願いします。
 
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No.4150-7 - 2015/06/05 (金) 09:30:29 - あどめ
>[Re:6] Fさんは書きました :

貴重なお話ありがとうございます。化学構造は参考にはなるかもしれないけど、商業的に化合物を扱っている方でも簡単ではないのですね。

>[Re:5] おおさんは書きました :

検索してみました。残念ながら今回ほしい情報は得られませんでしたがとても参考になりました。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.4150-6 - 2015/06/03 (水) 23:18:39 - F
製薬企業で生物(薬理、スクリーニング、基礎、MOA、要は何でも屋)やってます。

既存の化合物データベースがあって、類似化合物の構造検索ができます。
scifinderとか。所属機関がお金払ってないとたぶん利用できないけど。
おおさんが言うように、publicのものもある程度は使えるとは思いますけど、
たぶん規模が違います。

類似化合物の関連情報も紐付けされていて、作用点の情報なども結構充実しているようなので
作用機作解析のとっかかりとしては使える可能性はあると思います。

実際、私がいま、扱っているコンパウンドの作用点は、このアプローチで進めてきました。

最初は、非難囂々でしたが。。。

合成屋さんからしたら、置換機がいっこでも付いてるとまったく違うカンパウンドなんだそうです。
ハロゲン原子がいっこついてるだけの違いでも。。。
ま、企業風土にもよるとは思いますけど。

最後の方は愚痴っぽくなりましたが、参考になれば幸甚です。

(無題) 削除/引用
No.4150-5 - 2015/06/03 (水) 12:21:23 - おお
pubchemとかで一度類似化合物を探してみてもいいかもしれない。

(無題) 削除/引用
No.4150-4 - 2015/06/03 (水) 11:47:53 - あどめ
>[Re:3] サリーちゃんのパパさん
>[Re:2] おおさん

お返事ありがとうございます。
基本的には構造からはわからないのですね。
膜の透過性は気になるので少し調べてみます。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.4150-3 - 2015/06/02 (火) 23:03:24 - サリーちゃんのパパ
カルボン酸がついていたら膜を透過しないとか、アミンなら3級アミンは透過しやすいとかあるだろうけど。構造だけで確実にわかるなら、PAMPAとかやらないんじゃないかな。

(無題) 削除/引用
No.4150-2 - 2015/06/02 (火) 22:38:12 - おお
膜を透過するかどうかは構造で推測できるんじゃないかな。あとは既知の生理活性物質との比較で可能性は考えられると思うけど、外れている場合もかなりあると思う。いまだに、ターゲットの蛋白を見つけたら、それに対して結合したりする物質をすクリーニングしているわけですから、構造からこれですというにはまだ無理があると思う。

と化学に詳しくないけど思う。

化学構造からの薬理動態推定 削除/引用
No.4150-1 - 2015/06/02 (火) 16:41:20 - あどめ
はじめまして、生物系学科の学部生です。

薬剤の候補となる化合物を培養細胞に添加して反応を見る実験をしています。
そこで、化合物が細胞にどのように働いているのか気になりだしました。例えば、細胞表面の受容体に結合するのか、細胞内に入って行くのかなどということです。化合物の構造から推定できれば楽だなと思ったのですが、化学を勉強したことがないのでわかりません。

化学に詳しい方がいらっしゃれば、化学構造からどの程度の情報を得られるのか簡単に教えてください。素人質問で申し訳ありませんがよろしくお願いします。

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