Bio Technical フォーラム

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bioanalyzerとgel imageの乖離 トピック削除
No.4160-TOPIC - 2015/06/05 (金) 15:10:03 - houston
現在gDNAのある領域をPCRで増幅したアンプリコンをillumina sequencerでシークエンスしようとしています。
アンプリコンのサイズが300bp付近でgel purifyしてからbioanalyzerにてアンプリコンを確認したところ、700bp位の全然サイズの違う所で検出されました。二回繰り返しても同じ結果で、こんなにgelとbioanalyzerで結果が違うのかと困っています。
こういったことが起こる原因をご存じの方がおられたら、教えて頂けますでしょうか。よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.4160-2 - 2015/06/05 (金) 17:24:57 - sseven
以下のイルミナのサポート資料の31-32ページの事例が参考になるかもしれません。参考ページへのリンクがうまくいくかわからないので検索して探してください。

2013/10/18
イルミナサポートウェビナー シリーズ2013
Bioanalyzerを使用したLibrary QCとトラブルシューティング


同様の結果を示したライブラリの場合は熱処理後も大きいピークはなくならなかったのですが、ランの結果は問題ありませんでした。ただしモル濃度の計算はqPCR+ゲルのサイズでの結果を用いました。

可能ならばアダプター添加後のPCRからやり直したほうが安全だと思います。

bioanalyzerとgel imageの乖離 削除/引用
No.4160-1 - 2015/06/05 (金) 15:10:03 - houston
現在gDNAのある領域をPCRで増幅したアンプリコンをillumina sequencerでシークエンスしようとしています。
アンプリコンのサイズが300bp付近でgel purifyしてからbioanalyzerにてアンプリコンを確認したところ、700bp位の全然サイズの違う所で検出されました。二回繰り返しても同じ結果で、こんなにgelとbioanalyzerで結果が違うのかと困っています。
こういったことが起こる原因をご存じの方がおられたら、教えて頂けますでしょうか。よろしくお願いします。

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