Bio Technical フォーラム

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C3スペーサー トピック削除
No.4161-TOPIC - 2015/06/05 (金) 15:14:18 - yamamoto
C3スペーサーをPrimerの3'に付けるとPCRの伸長反応をそこで阻害すると言うのを聞いたのですが、この場合につけるスペーサーは一つで良いのでしょうか。それとも連ねたほうが良いのでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.4161-3 - 2015/06/07 (日) 13:24:13 - おお
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2517594/

C3 spacer (3 hydrocarbons) CPG is a standard primer modification available from most suppliers of custom oligonucleotides. Adding this modification to the 3'-end of an oligonucleotide prevents elongation during a PCR without noticeably influencing its annealing properties. Because oligos are synthesized from a 3' to 5' direction, all molecules will be modified with the 3' modification. Modifying the 3'- end with a phosphate group (as chosen by Liles et al. [35]), a phosphate ester, or using an inverted 3'-3' linkage would also prevent elongation. However, side reactions during deprotection of the oligonucleotide or enzymatic impurities may free the 3'-hydroxyl group to a small extent, and these methods are not so effective in blocking as C3 spacers CPG [38,39].

(無題) 削除/引用
No.4161-2 - 2015/06/07 (日) 02:06:09 - おお
いろいろWEBでみるとひとつでじゅうぶんそうだけどなぁ。。。

類似の実験で一つでやってて十分な結果を得ているものがあるなら、、、

ただ、新規の実験で実験条件、酵素いろいろな環境の違いがあるなら、いくらかmodification(C6とかも含め)を試しておくほうがいいかもしれない。方法論としての論文としてもいろいろ考察もできるし。

C3スペーサー 削除/引用
No.4161-1 - 2015/06/05 (金) 15:14:18 - yamamoto
C3スペーサーをPrimerの3'に付けるとPCRの伸長反応をそこで阻害すると言うのを聞いたのですが、この場合につけるスペーサーは一つで良いのでしょうか。それとも連ねたほうが良いのでしょうか。

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