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quick change法におけるプライマー配列の重複挿入 トピック削除
No.4189-TOPIC - 2015/06/17 (水) 19:04:57 - サバンナ
はじめまして
単純な質問でしたらすみません

quick change法を用いて大腸菌組換えタンパク質の変異体のベクターを作製しています。
PCRは成功するのですが、シーケンスの結果、使用したプライマーの配列が2~4個連続して挿入されてしまうことが何度もあり困っています。この原因について教えていただけないでしょうか?

プライマーのTmは65℃程度、35bpでユーロフィン社製のものを
ポリメラーゼはKODplus neoを使用しています
また、ベクターのは約5000bpです。

よろしくお願い致します
 
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No.4189-7 - 2015/06/18 (木) 09:05:25 - サバンナ
なるほど!
アドバイスありがとうございます!
私だけではないのですね。少しホッとしました
さっそく試してみます!

(無題) 削除/引用
No.4189-6 - 2015/06/18 (木) 08:53:04 - おお
30サイクルはいらないんじゃないかなぁとわたしもおもうけど。アンーリングと伸長反応の68度は72度ぐらいまで上げる人もいますね。

(無題) 削除/引用
No.4189-5 - 2015/06/18 (木) 08:49:24 - 独り言
30サイクル以上でプラスミド一周するようなPCRすると、プライマー配列が2−3個タンデムに入ってしまうことが私もみまわれたことがあります。
20サイクル、せめて25サイクルでPCRすると解決しました。

(無題) 削除/引用
No.4189-4 - 2015/06/18 (木) 01:57:08 - サバンナ
条件を書いていませんでしたすみません

2ステップで30サイクル行っています

@94℃、2min
A98℃、10sec
B68℃、2.6min
Cgo toA 30 cycle
D4℃

(無題) 削除/引用
No.4189-3 - 2015/06/17 (水) 23:11:31 - おお
プライまーの末端にプライまーがミスアニーリングするんでしょうかねぇ。。。どういう条件でPCRしているかわかりませんが、もうちょっと厳しい条件にできませんかねぇ。。。
それか酵素かえるか。。。

(無題) 削除/引用
No.4189-2 - 2015/06/17 (水) 22:41:31 - 独り言
PCRのサイクル数が30回以上だったりしませんか?

quick change法におけるプライマー配列の重複挿入 削除/引用
No.4189-1 - 2015/06/17 (水) 19:04:57 - サバンナ
はじめまして
単純な質問でしたらすみません

quick change法を用いて大腸菌組換えタンパク質の変異体のベクターを作製しています。
PCRは成功するのですが、シーケンスの結果、使用したプライマーの配列が2~4個連続して挿入されてしまうことが何度もあり困っています。この原因について教えていただけないでしょうか?

プライマーのTmは65℃程度、35bpでユーロフィン社製のものを
ポリメラーゼはKODplus neoを使用しています
また、ベクターのは約5000bpです。

よろしくお願い致します

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