Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

1-cell transcriptome/細胞のclumpingの問題 トピック削除
No.4193-TOPIC - 2015/06/19 (金) 09:21:59 - 1-cell
この度はお世話になります。どうぞ宜しくお願い致します。

現在、1-cell transcriptome解析を行おうとしています。
細胞はヒトprimary線維芽細胞です。機器はC1です。

トリプシン/EDTAで細胞を剥がした後、complete mediumで中和、遠心後、complete mediumで再懸濁してcell countを行いました。顕微鏡下ではシングルセルを確認していたのですが、いざ、C1にセットして、capture(1 cell/well)したところ、19-wellのみがシングルセルでした。

どうもサンプルがcell clumping togetherしているようです。
このcell aggregationを抑える工夫としてどのようなことをすればいいでしょうか?

今考えているのは、
1. サンプルのcaptureを4˚Cで行う(機器にそのような設定がないのでこれは無理そうですが)

2. complete mediumにEDTAを数mM入れてみる

3. 細胞をdishから剥がして、遠心後の再懸濁mediumにトリプシン/EDTAを使ってみる

等々を考えています。が、最後のトリプシン/EDTAはかなり乱暴で、transcriptomeデータにも影響が出てしまいそうです。

みなさんの工夫を教えていただけませんでしょうか?
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



2件 ( 1 〜 2 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.4193-2 - 2015/06/19 (金) 10:13:43 - おお
再けんだくにtrypsin-EDTA使うぐらいだったらPBS(Mg, Ca free)とかHBSS(Mg, Ca free)にするなぁ。。。あとはマイルドな酵素をつかうとか。

ヒト線維芽細胞さいぼうだったらPBS-EDTAで二、三回洗えばはがれてきたりしないかなぁ。

1-cell transcriptome/細胞のclumpingの問題 削除/引用
No.4193-1 - 2015/06/19 (金) 09:21:59 - 1-cell
この度はお世話になります。どうぞ宜しくお願い致します。

現在、1-cell transcriptome解析を行おうとしています。
細胞はヒトprimary線維芽細胞です。機器はC1です。

トリプシン/EDTAで細胞を剥がした後、complete mediumで中和、遠心後、complete mediumで再懸濁してcell countを行いました。顕微鏡下ではシングルセルを確認していたのですが、いざ、C1にセットして、capture(1 cell/well)したところ、19-wellのみがシングルセルでした。

どうもサンプルがcell clumping togetherしているようです。
このcell aggregationを抑える工夫としてどのようなことをすればいいでしょうか?

今考えているのは、
1. サンプルのcaptureを4˚Cで行う(機器にそのような設定がないのでこれは無理そうですが)

2. complete mediumにEDTAを数mM入れてみる

3. 細胞をdishから剥がして、遠心後の再懸濁mediumにトリプシン/EDTAを使ってみる

等々を考えています。が、最後のトリプシン/EDTAはかなり乱暴で、transcriptomeデータにも影響が出てしまいそうです。

みなさんの工夫を教えていただけませんでしょうか?

2件 ( 1 〜 2 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。