Bio Technical フォーラム

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SDS-PAGEの解析について トピック削除
No.4196-TOPIC - 2015/06/19 (金) 15:28:51 - くみ
電気泳動の初心者です。マウス組織を用いて電気泳動実験を行いました。
4群各6匹だったので、1枚のメンブレンあたりに各群2匹ずつサンプルをアプライ(同じ日に調製しタンパク量を揃えてSDS化)し、低電圧で流しました。そして同条件で1次抗体、2次抗体をつけ目的タンパクをECLでバンドを検出しました。βactinはその後シグナルが弱くなってから別に検出しました。

これから解析をしようと思うのですが、メンブレンによって同じ撮像時間(時間経過で全部で10枚ほど)でも微妙に濃さが異なっています。βactinとの比を求めて群ごとに平均を出そうと思うのですがそのときすべてのメンブレンで撮像時間を揃えるのがよいのでしょうか?どのように扱ったらよいのか困っています。メンブレンによっては同じ秒数にすると例えばactinが薄いものがあり、βactin比が大きくなり、その群のばらつきが大きくなってしまいます。また目的タンパクの撮像時間とβactinの撮像時間は異なってもよいのでしょうか?どなたか解析について御教授ください。
 
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No.4196-5 - 2015/06/22 (月) 09:14:49 - くみ
みなさま、ご意見ありがとうございます。ソフトの支援によって飽和していない箇所を選んで使っています。共通の試料をおいて規格化するというのは用いられることの多いものなのでしょうか?

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No.4196-4 - 2015/06/20 (土) 03:05:39 - おお
飽和しているかどうかは、CCDカメラをつかって検出していればソフトによっては簡単に分かりますので、ソフトなどのマニュアルやヘルプを読んで見るといいかもしれません。

また、ハウスキーピングといえど動いている可能性もあるので、なるべくロードする蛋白量を確実にあわせて、複数回実験して見極めることも必要です。蛋白量があっていれば、多少のアクチンの動きがあってもそれから比を求める必要はありません。

(無題) 削除/引用
No.4196-3 - 2015/06/19 (金) 23:52:34 - 中年
また、アクチンのコントロールは多くの場合、シグナルが飽和してしまって定量性は低いため、その値で見たいシグナルを割って相対比を出すことには慎重になるべきだと思います。

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No.4196-2 - 2015/06/19 (金) 22:30:58 - おお
時間では難しいので、各メンブレンに共通の試料をおいて、それをreferenceにするといいです。

SDS-PAGEの解析について 削除/引用
No.4196-1 - 2015/06/19 (金) 15:28:51 - くみ
電気泳動の初心者です。マウス組織を用いて電気泳動実験を行いました。
4群各6匹だったので、1枚のメンブレンあたりに各群2匹ずつサンプルをアプライ(同じ日に調製しタンパク量を揃えてSDS化)し、低電圧で流しました。そして同条件で1次抗体、2次抗体をつけ目的タンパクをECLでバンドを検出しました。βactinはその後シグナルが弱くなってから別に検出しました。

これから解析をしようと思うのですが、メンブレンによって同じ撮像時間(時間経過で全部で10枚ほど)でも微妙に濃さが異なっています。βactinとの比を求めて群ごとに平均を出そうと思うのですがそのときすべてのメンブレンで撮像時間を揃えるのがよいのでしょうか?どのように扱ったらよいのか困っています。メンブレンによっては同じ秒数にすると例えばactinが薄いものがあり、βactin比が大きくなり、その群のばらつきが大きくなってしまいます。また目的タンパクの撮像時間とβactinの撮像時間は異なってもよいのでしょうか?どなたか解析について御教授ください。

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