Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

IGVから図の作成 トピック削除
No.4346-TOPIC - 2015/08/17 (月) 14:38:47 - genome
ChIP-SeqのデータをIGVで解析しています。2サンプルを比較しながら見ています。

IGVで見ていると、「coverage track」という山型の図が出てくるのですが、この図が論文などの図に使用されているように見受けられます。

IGVを使い慣れていないので、どのようにしてこの「coverage track」を拡大するか、あるいは、図として抽出するかなどの方法がわかりません。

どなたか、上記の方法をご存知の方おられますでしょうか?

また、IGVを使用して論文の図を作る場合、上記の方法以外でも結構ですので、何かよい方法があればお教えいただけますでしょうか?参考書等の情報でも構いません。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.4346-3 - 2015/08/25 (火) 09:34:49 - genome
諸事情でお返事遅くなりました。

ucscでBAMファイルを読み込めるのですね。
一度トライしてみます。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.4346-2 - 2015/08/20 (木) 21:46:51 - ucsc
ucsc genome browserのscreen shotを使う人が多いのではないかと思います。

https://cell-innovation.nig.ac.jp/wiki/tiki-index.php?page=UCSC+Genome+BrowserでBAMファイルを読み込む

IGVから図の作成 削除/引用
No.4346-1 - 2015/08/17 (月) 14:38:47 - genome
ChIP-SeqのデータをIGVで解析しています。2サンプルを比較しながら見ています。

IGVで見ていると、「coverage track」という山型の図が出てくるのですが、この図が論文などの図に使用されているように見受けられます。

IGVを使い慣れていないので、どのようにしてこの「coverage track」を拡大するか、あるいは、図として抽出するかなどの方法がわかりません。

どなたか、上記の方法をご存知の方おられますでしょうか?

また、IGVを使用して論文の図を作る場合、上記の方法以外でも結構ですので、何かよい方法があればお教えいただけますでしょうか?参考書等の情報でも構いません。

3件 ( 1 〜 3 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。