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Pymolで塩基の置換の表示の仕方 トピック削除
No.4375-TOPIC - 2015/08/29 (土) 09:54:13 - 沖時
お世話になります。
今、転写制御因子のドメインに着目しています。すでに構造は解かれているためPDBより構造情報を入手しました。

合成RNA(6塩基長)との共結晶情報なのですが、そのうちアデニンをグアニンに置換した際の塩基と転写制御因子の間の水素結合の変化を表示させたいです。

これまでpymolを使って、アミノ酸の置換などのmutagenesisはしてきましたが、リガンド側に変異を入れる(アデニンをグアニンに)ことは可能でしょうか?

pymol上でアデニンを選択しても「Pick a residue...」と表示されたままでどうやら塩基は認識していないようです。アミノ酸を選択するとそこへはきちんとmutagenesisできます。
方法をご存知の方がいらっしゃいましたらご教示いただけませんでしょうか。
よろしくお願い致します。
 
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Pymolで塩基の置換の表示の仕方 削除/引用
No.4375-1 - 2015/08/29 (土) 09:54:13 - 沖時
お世話になります。
今、転写制御因子のドメインに着目しています。すでに構造は解かれているためPDBより構造情報を入手しました。

合成RNA(6塩基長)との共結晶情報なのですが、そのうちアデニンをグアニンに置換した際の塩基と転写制御因子の間の水素結合の変化を表示させたいです。

これまでpymolを使って、アミノ酸の置換などのmutagenesisはしてきましたが、リガンド側に変異を入れる(アデニンをグアニンに)ことは可能でしょうか?

pymol上でアデニンを選択しても「Pick a residue...」と表示されたままでどうやら塩基は認識していないようです。アミノ酸を選択するとそこへはきちんとmutagenesisできます。
方法をご存知の方がいらっしゃいましたらご教示いただけませんでしょうか。
よろしくお願い致します。

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