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(無題) 削除/引用 No.4381-6 - 2015/09/05 (土) 13:41:32 - こtoち 論文の紹介までしっかりとしていただき,本当にありがとうございました． しっかりと勉強して、論文を仕上げたいと思います． ありがとうございました．

(無題) 削除/引用 No.4381-5 - 2015/09/03 (木) 17:23:40 - 橘 Farris et al. (1994) "Testing significance of incongruence." Cladistics, vol. 10, pp. 315-319, doi:10.1111/j.1096-0031.1994.tb00181.x Legendre and Lapointe (2004) "Assessing congruence among distance matrices: Single-malt scotch whiskies revisited." Australian and New Zealand Journal of Statistics, vol. 46, pp. 615-629, doi:10.1111/j.1467-842X.2004.00357.x Leigh et al. (2008) "Testing congruence in phylogenomic analysis." Systematic Biology, vol. 57, pp. 104-115, doi:10.1080/10635150801910436 Leigh et al. (2011) "Let them fall where they may: Congruence analysis in massive phylogenetically messy data sets.", Molecular Biology and Evolution, vol. 28, pp. 2773-2785, doi:10.1093/molbev/msr110 全て初出論文なので、検証例や応用例はこれらを引用している論文を見てください。

(無題) 削除/引用 No.4381-4 - 2015/09/02 (水) 14:19:36 - こtoち 非常に丁寧な説明ありがとうございます． CONCELを使ってAUテストを行ってみます． 重ねてお願いになってしまうのですが Incongruentの判定方法が載っている論文等ありましたら ぜひご教授ください． よろしくお願いいたします．

(無題) 削除/引用 No.4381-3 - 2015/08/31 (月) 21:36:34 - 橘 それぞれの遺伝子座だけの系統樹推定も行った方がいいと思いますが、各領域がincongruent (明らかに異なる系統樹を支持すること)でないのなら、連結解析を行うことに問題はありません。 もちろん、rRNAの場合は二次構造を考慮した置換モデルもあり、Kakusan4はそれを検討していませんから、二次構造がわかるならそういうモデルを使用した方がいい可能性はあります。 二次構造を考慮した置換モデルはRAxMLでも利用可能ですが、私としてはパラメータ数が非常に多いのでよほどOTUが多くない限り必要ないのではないかと考えています。 タンパクコード領域も、本当はコドン置換モデルとかが当てはめられればいいのでしょうが、RAxMLは対応していません(IQ-TREEなら対応しています)。 なお、OTU間の塩基組成の均一性に関する検定結果は必ず確認して下さい。 Incongruentかどうか判定する最も簡単な方法は、連結解析で得られたML樹形を、各遺伝子座のみを使った解析で得られたML樹形と、各遺伝子座のみのデータで、AU検定などで比較することです。 連結解析で得られたML樹形が各遺伝子座のみを使った解析で得られたML樹形より有意に劣るなら、incongruentということになります。

(無題) 削除/引用 No.4381-2 - 2015/08/31 (月) 19:32:12 - こtoち すいません． 途中で投稿してしまいました． 魚類の系統解析に16SrRNAを用いようと思っているのですが, RAxMLで解析する際に他のタンパク質コード領域(CO1,Cytb)と一緒に解析しても 良いのでしょうか． Kakusan4でseparate_codonseparateモデルが選択されるのですが, rRNAが入っていてこのモデルを適用するのは適切なのでしょうか． 勉強不足で大変申し訳ありませんが,どうぞご教授ください． 宜しくお願い致します．

16SrRNAによる系統解析 削除/引用 No.4381-1 - 2015/08/31 (月) 19:28:30 - こtoち いつもお世話になっております． 魚類の系統解析に16SrRNAを用いようと思っているのですが, RAxMLで解析する際に他のタンパク質コード領域(CO1,Cytb)と一緒に解析しても 良いのでしょうか． Kakusan4でseparate_codonseparateモデルが選択され

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