Bio Technical フォーラム

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第三コドンの切り出し トピック削除
No.4595-TOPIC - 2015/11/17 (火) 15:31:53 - t-t
いつもお世話になっております．

系統樹を描くために, 第三コドンが飽和しているか調べたいのですが,
塩基配列のデータから第三コドンのみを切り出す方法をご教授ください．

Phylogearsでできると聞いたことがあるのですが, どのコマンドを使うべきなのかわかりません．

どうぞよろしくお願いいたします．
　
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.4595-4 - 2015/11/18 (水) 17:04:53 - t-t
橘 様

迅速にご回答いただきありがとうございます．

1座位当たりの置換数は大きくても0.3前後でした．
あまり影響のある問題ではなかったのですね．

ありがとうございました．

(無題) 削除/引用
No.4595-3 - 2015/11/17 (火) 16:37:21 - 橘
なお、塩基置換の飽和に関しては、それほど気にするような問題ではないです。
長さ(1座位当たりの置換数)が0.5を超える枝があるとか、そういうレベルでない限り系統樹推定に大した影響はありません。

(無題) 削除/引用
No.4595-2 - 2015/11/17 (火) 16:34:17 - 橘
pgspliceseq 3-.\3 inputalignment outputalignment
です。
なお、ターミナルでは\が特別な意味を持つので、3-.\3をクオートして下さい。
これは、「3塩基目から最後の塩基までのうち、3塩基ごとに(=2塩基飛ばしで)切り出す」という意味です。

第三コドンの切り出し 削除/引用
No.4595-1 - 2015/11/17 (火) 15:31:53 - t-t
いつもお世話になっております．

系統樹を描くために, 第三コドンが飽和しているか調べたいのですが,
塩基配列のデータから第三コドンのみを切り出す方法をご教授ください．

Phylogearsでできると聞いたことがあるのですが, どのコマンドを使うべきなのかわかりません．

どうぞよろしくお願いいたします．
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