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(無題) 削除/引用 No.4602-6 - 2015/11/19 (木) 10:26:55 - 独り言 染色体数は少ないほうがKO得やすいでしょうけど、実際にCRISPR入れて、クローニングしてKOを得るという方法で、哺乳類細胞のKO効率は十分実用的な効率だと印象をうけております。まだ２９３とHeLaしか試してませんが。 むしろCRISPRの導入効率のほうが効率の低下に直結すると、周りのラボをみて感じました。 質問者さんが言う低いというのは、なんど試しても取れないということでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.4602-5 - 2015/11/19 (木) 09:58:08 - crispy おお 様 > 哺乳類以外のものとの比較でしょうか?それなら何との比較でしょう?興味があります。後学のために教えていただけませんか? 染色体の数の問題から、単純にES細胞等に比べてKO効率は低いのではという考えでした。 哺乳類細胞株に対して、というのは誤解を招く書き方でした。すみません。 KBM-7というほぼ一倍体で維持されている細胞由来の細胞株HAP1ではKOコレクションが作られ販売されていることを知り、こういった考えに至りました。 > HeLaでは本当にやられてませんか? HeLaでもノックアウトはありますが、論文等ではHEK293の方が見かけるのが多かったもので、そういった理由があるのではと思っていました。 あまりイメージで話しをするものではないですね。 培養細胞の中にはDNA修復系に異常があり、むしろ切断効率が良すぎて他の領域まで傷つけてしまうといった話もあるようですね。

(無題) 削除/引用 No.4602-4 - 2015/11/19 (木) 06:38:37 - おお 染色体の数が問題と思えるならESや染色体の構成がいじされた細胞を使えばいいかとおもいますが、、、

(無題) 削除/引用 No.4602-3 - 2015/11/19 (木) 06:16:02 - おお >ここでもぽつぽつ話題に上るCRISPRですが、認識として哺乳類細胞株に対してそのKO効率は低い（と考えられる）と思います。 哺乳類細胞株では最も効率がいい方法の一つですが、、、 哺乳類以外のものとの比較でしょうか?それなら何との比較でしょう?興味があります。後学のために教えていただけませんか?

WB re-probing 削除/引用 No.4602-2 - 2015/11/19 (木) 03:16:34 - おお HEK293も染色体の本数がめちゃくちゃです HEK293はかなりtransfectionしやすく、発現量もたかいtransformantsがえられやすいからでしょう。 HeLaでは本当にやられてませんか? 細胞の選択は効率も考えないといけないかもしれませんけど、考えている実験系で必要な細胞を使うこともあるかとおもいます。

CRISPRでのKOに適した哺乳類細胞株 削除/引用 No.4602-1 - 2015/11/18 (水) 23:06:20 - crispy ここでもぽつぽつ話題に上るCRISPRですが、認識として哺乳類細胞株に対してそのKO効率は低い（と考えられる）と思います。 例えばHeLaだと染色体の本数がめちゃくちゃで、KOに至るには理論上何本もの染色体上の目的遺伝子の変異が生じる必要があるためです。 そこで参考までに、CRISPRの実験系を試している、現在動かしている方にどのような細胞株を用いて実験しているのか教えていただけると嬉しいです。 また論文などを見てみるとHEK293が割と使われている印象ですが、何か理由があるのか気になりました。それ以外にも色々と情報交換できれば幸いです。

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