Bio Technical フォーラム

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マイクロアレイの統計解析 トピック削除
No.4604-TOPIC - 2015/11/23 (月) 18:52:55 - ぽりぃ
統計の初学者です。
マイクロアレイの統計解析について質問です。
元データはA,B,C,コントロールの4群からなります(各群6個体ずつ)。コントロールと比較し、A,B,Cの各群で特異的に発現が変化している遺伝子を検出したいと考えています。

調べた範囲では

@A,B,C,コントロール群間でANOVAを行い有意差のある遺伝子を検出→それら遺伝子の中でTukey検定を行う、もしくは、クラスタリングを行い、A,B,C各郡特異的に発現が変化している遺伝子を抽出

することが多いように思われますが(これが間違っていたらすみません)

AA,B,Cいずれかの群で、コントロールと比較し有意に発現が変化している遺伝子を2群間比較(t検定など)で検出→それら遺伝子の中でA,B,C各群特異的に発現が変化している遺伝子を抽出

のような方法もあると言われ、それでも良いのか悩んでいます。
どのような方法が一般的に行われる方法になるでしょうか。
 
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(無題) 削除/引用
No.4604-2 - 2015/11/23 (月) 23:31:20 - おお
2はmultiple comparisonの考慮が最初の T検定に入ってなければほんとうの意味での統計としてはまずいのでは?それにコントロールと差がないとでても A、B間で差があるとかいう場合は引っかからないと思う。

マイクロアレイの統計解析 削除/引用
No.4604-1 - 2015/11/23 (月) 18:52:55 - ぽりぃ
統計の初学者です。
マイクロアレイの統計解析について質問です。
元データはA,B,C,コントロールの4群からなります(各群6個体ずつ)。コントロールと比較し、A,B,Cの各群で特異的に発現が変化している遺伝子を検出したいと考えています。

調べた範囲では

@A,B,C,コントロール群間でANOVAを行い有意差のある遺伝子を検出→それら遺伝子の中でTukey検定を行う、もしくは、クラスタリングを行い、A,B,C各郡特異的に発現が変化している遺伝子を抽出

することが多いように思われますが(これが間違っていたらすみません)

AA,B,Cいずれかの群で、コントロールと比較し有意に発現が変化している遺伝子を2群間比較(t検定など)で検出→それら遺伝子の中でA,B,C各群特異的に発現が変化している遺伝子を抽出

のような方法もあると言われ、それでも良いのか悩んでいます。
どのような方法が一般的に行われる方法になるでしょうか。

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