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(無題) 削除/引用 No.4617-7 - 2019/11/06 (水) 14:35:05 - qwe 知り合いの研究室が使っている以下のソフトならできるかもです。 2つの波形をソフトが分けてくれるそうです。うちのラボには無いので具体的にはわかりませんが・・ご参考になれば幸いです。 https://www.bio-upload.com/mutation-surveyor-r

(無題) 削除/引用 No.4617-6 - 2015/12/01 (火) 06:32:34 - 小児科医師（ゆとり教育） みなさま、コメントありがとうございました。ABIのシークエンサーを使っているので、セカンダリーピークの設定をとりあえずやってみます。ご指摘ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.4617-5 - 2015/11/30 (月) 15:16:50 - おお 配列を完全に決定できるとまで言いませんが、リバースとフォアード用法から配列を読めばindelの位置を決めやすいのでは？

(無題) 削除/引用 No.4617-4 - 2015/11/30 (月) 10:22:29 - 橘 ABIのシーケンサを使用しているなら、Sequencing Analysis Softwareの設定でMixed Basesの設定ができるはずです。 Use Mixed Base Identificationにチェックを入れて閾値を15%とした場合、2番目に強いシグナルを持つ塩基が最大強度の塩基のシグナルの15%以上の場合にR, Y, K, M, S, Wとしてベースコールされます。 RはA or Gという意味ですから、そこがAとGのヘテロである可能性があります。 ただ、塩基によってシグナル強度は元々違うので、この方法で自動化するのはかなり難しいでしょう。 Big Dye v1.1を使うと多少シグナル強度は均一に近くなるそうですが、GCが多いサンプルなど、読みづらい配列に弱いらしいです。

(無題) 削除/引用 No.4617-3 - 2015/11/30 (月) 09:57:53 - AP SNP解析用のソフトならあるいは、、、、、

(無題) 削除/引用 No.4617-2 - 2015/11/30 (月) 07:42:34 - sgr SequencherにCall Secondary Peaksという機能があります。

ヘテロの塩基配列を読むことのできるソフトウェア 削除/引用 No.4617-1 - 2015/11/29 (日) 19:17:10 - 小児科医師（ゆとり教育） いつもお世話になっております。 PCRを行ってヘテロの塩基配列を得た場合、これを自動で読んでくれるソフトウェアはないでしょうか？具体的には、AAATTTGGGという配列とAATTTGGGという配列があった場合、3つ目のAからはシーケンスで二つの波形が得られると思います。今までは手作業で二つの波形を分けて配列を読む、もしくはクローニングにて配列を決定していました。今回、CRISPR/Cas9を用いて作製したノックアウトマウス（候補）から得られた30個ほどの検体の波形を読む必要があります。手作業で配列を読むにしろ、クローニングで配列を決定するにしろかなりの時間がかかります。しかも、今後検体数は100以上に増える可能性があり、自動で読んでくれるソフトウェアがあるとかなり作業がはかどります。そんな夢のようなソフトウェアがあるのかと疑問に思うのですが、どなたかご存じないでしょうか？ お手数おかけしますが、御教授賜りますと幸いです。

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