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(無題) 削除/引用 No.4636-18 - 2015/12/11 (金) 12:01:31 - サンショウウオ 全長のリンクを下に記載し直します。先頭にhttpを足してください ://imgur.com/p4ZvuBt ://imgur.com/HBmUZby tPA-/-のあたりとかうっすらグレーの部分も含めてColorthresholdで選択できたと思ったんだけどなぁ。。。 元画像 ://www.jci.org/articles/view/19212/figure/2 チャネルを分けるのがだめなら、RGB→8bitモノクロ画像に変換して一色にまとめて定量ということもできそう。

ImageJによる青色定量化 削除/引用 No.4636-17 - 2015/12/11 (金) 07:39:54 - ま ありがとうございます。 サンショウウオさまのおっしゃる方法で、青色は定量できます。 しかし、（リンクは当方うまく開けないのですが）同じことだと思います。RGBでもHSBでも、色で分けて輝度を測る方法では、今回の私の場合はうまくいきません。なぜなら測りたい変色には、青が他のチャネルより強いもの（見るからに青）から弱いもの（黄色みがかったグレー）まで含まれているからです。

(無題) 削除/引用 No.4636-16 - 2015/12/10 (木) 19:46:15 - サンショウウオ 度々すいません HSB基準のThresholdingで領域決定 Selectを押してROIの決定（黄色い枠で囲まれる） Analyze→Tools→ROImanager→Add　でROIの記憶 元画像をRGBStackで分離後Blue画像を選択 ROIManagerのROIを呼び出し(郵便番号みたいな番号をクリックして青Ch画像に適用) MeasurementでROI内部の青Chの輝度値の計算 やると下みたいになると思っていた。 //imgur.com/p4ZvuBt

(無題) 削除/引用 No.4636-15 - 2015/12/10 (木) 19:41:19 - たていす ＞「invertしたRとGの平均」の示すところが、良く理解できませんでした。 明るいバックグラウンドの画像を反転すると青は黄色になりますから、反転した画像で黄色を読めばよいだろうと言うことです。黄色だから、赤と緑の平均を読めば、「まあ」良いんじゃない？と言うことです。本当にそれだけでよいかというと、ちょっと足りないような気もします。 バックグラウンドがフラットなわけではないので、そこをよく考えないといけないでしょうね。

(無題) 削除/引用 No.4636-14 - 2015/12/10 (木) 19:27:16 - サンショウウオ HSBSplitterを紹介すべきではなかったかなと反省してます。 HSBSplitterつかわずに、手動でROI（赤色の部分）を定義したあとに、そこのBの値だけを計算しても差は出ないでしょうか？ 参考例 ttp://imgur.com/HBmUZby

ImageJによる青色定量化 削除/引用 No.4636-13 - 2015/12/10 (木) 10:35:26 - ま 画像上で青に見えるということは、RGBで言うと、「Bが他よりも高い状態」＝「invertすればRとGがBよりも高い状態」という理解ですが、違いますでしょうか。RGBが同じ値であれば無彩色（グレー）、その値の上下は明度に相当すると思っております。「invertしたRとGの平均」の示すところが、すみません、良く理解できませんでした。 しかし、そこで私の問題がよりクリアになったので言い換えますと、「dye由来のリンパ節の変色を数値化したいが、変色は色相で見ると単一ではなく、強い青（紫寄り）〜薄い青（シアン寄り）〜グレーまで含む。そのグレー（RGBがほぼ同じ値）は、厳密にはBがやや低め（黄色みがかったグレー）である。」ということに気付きました。 私がタイトルの挙げ方が悪かったように思いますが、本当に青色を定量化するのであれば、挙げてくださった方法で十分正しい解析ができたのだと思います。また、解析の前に画像の撮り方を工夫する議論は当然あってしかるべきで、今回は私が共同の動物施設で実験しており、すでに撮った画像が多くあることから、画像解析でできる範囲でなんとかしたいという事情から十分お返事しませんでしたが、今後に活かせる示唆が得られました。誠にありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.4636-12 - 2015/12/09 (水) 22:55:35 - この この辺り参考になったりします？？ www.mecourse.com/landinig/software/cdeconv/cdeconv.html

(無題) 削除/引用 No.4636-11 - 2015/12/09 (水) 14:18:05 - たていす わかりきったことをグダグダ言っているのかもしれませんが、悪しからず。 まずは、白地に青を描いて見てください。それをRGB-stackに変換すると、青い領域とは赤と緑がなくなった領域であることが解ると思います。 青く発光しているものを検出するときは、青チャンネルを計測すればよいでしょうが、青色に見えるシミ（染色像）を検出するときに、青チャンネルのシグナルを検出してもダメなんじゃないかね？と思います。

ImageJによる青色定量化 削除/引用 No.4636-10 - 2015/12/09 (水) 12:55:59 - ま ご助言ありがとうございます。 HSB Stack Splitterをやってみました。Hueで129-200辺りを選んで見てみると、赤身の強いコントロールリンパ節は値がほぼ0になり、その点非常に良かったです。ただ、薄く染まったものはやはりあまりうまく出ません。カラーピッカー(RGB)で一部見てみると、ほとんどグレーに近いようです。本来のリンパ節の色では全くないので、dye由来のはずですが。 HSB Stack Splitterでsplitした最初の画像(H)で一部の色相を選択した場合、Histogram→ListでCountは知ることはできますが、各value（もしくはピクセル）に対応する明度の算出方法がわからず、困っておりました。青系色相のIntensityを得たいので、Hue(129-200)のBrightness x Count/Countを算出しようと考えております（HSBについて何か誤解していたらすみません）。もしご存知でしたら教えて頂けますでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.4636-9 - 2015/12/07 (月) 08:46:21 - Loach Evans blueは蛍光でも観察できるので、もしかしたらリンパ節のバックグラウンドを抑えたデータを取得することができるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.4636-8 - 2015/12/06 (日) 19:13:24 - サンショウウオ このプラグインが必要なのを忘れてました。RGB画像をHSB画像に分割してくれます。 HSB　Stack　Splitter rsb.info.nih.gov/ij/plugins/hsb-split.html

(無題) 削除/引用 No.4636-7 - 2015/12/06 (日) 19:04:11 - サンショウウオ 色相で分けたいのなら、RGBの３チャネルの色空間じゃなくて、 HSBのColorThresholdの調整で二値化して領域定義して計算できないでしょうか。そっちのほうが人間の認識に近かった気がします。 　 　ImageJのAdjust→ColorThreshold →Color Space をHSBに変更→Hue,Saturation,Brightnessの三値を基準に青っぽい部分を抽出

ImageJによる青色定量化 削除/引用 No.4636-6 - 2015/12/06 (日) 11:34:06 - ま ご助言頂き誠にありがとうございました。 Colour Deconvolutionをやってみました。 非常に良さそうに思えたのですが（"From ROI"から、Colour[1]に青く染まったリンパ節を、Colour[2]にコントロールのリンパ節を指定してvectorを設定し、deconvolution、Colour[1]の画像をInvertし、Histogram）、実際は薄く染まったものについてはやはり思ったほどうまく数値が出ませんでした。 原因は良くわからないのですが、薄く染まったものは、地のリンパ節の色と相まってもはや他の色相に取れるのか（確かにグレーのようなオレンジ系のような微妙な色です）。又、血液に触れたリンパ節は赤みが強いのですが、青の要素も強まってしまい、dyeによって薄く染まったものよりも青の数値が高く出たりということがあります。 現在のところ、リンパ節を得る際に血液に触れないようきれいに取ることに加え、Deconvolutionのvectorの値を調節することで、落としどころを見つけようといった状況です。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.4636-5 - 2015/12/05 (土) 22:19:44 - たていす どうやっているのか判りませんが、blue-channelを読むのではうまく行かないのではないでしょうか？ 画像をinvertして、greenとredのchannelのアベレージを読むのがいいんじゃない？？

(無題) 削除/引用 No.4636-4 - 2015/12/05 (土) 18:50:55 - たていす 上手く行くかわからないけど、 Image>color>Colour Deconvolution でなんとかなるんじゃないかなあ？ 元の写真を48bit color（16bitx3-channel）で撮影できるのであれば、好ましいと思います。 但し、Colour Deconvolution自体は、RGBでないとダメみたいです。

(無題) 削除/引用 No.4636-2 - 2015/12/05 (土) 11:02:56 - おお 青色光だけを当てて写真をとればどうだろう。

ImageJによる青色定量化 削除/引用 No.4636-1 - 2015/12/05 (土) 09:57:13 - ま Evans Blue（青色dye）をマウスに皮下注射し、一定時間後に近接するいくつかのリンパ節を得、カラーチャートを含めて写真撮影し、その画像解析でdyeのリンパ節への移行の有無と強度を示そうとしております。 現在行っている操作は、ImageJを用いて、White Balance操作後、R,G,Bにsplitし、�@Blue画像のHistogramからIntensityを算出、もしくは�ABlue-Red画像のHistogramからIntensityを算出、です。 どちらも明らかに強くブルーに染まっているときは高い値が得られておりますが、肉眼でかすかにブルーに変化していると判断できるようなケースの場合、コントロール（例えば左手にdyeをうったときの、右側のBrachial Lymph Node)より高い値が得られません。肉眼で、コントロールは薄い黄色〜サーモンピンク、かすかに染まっていると判断した側は薄いグレー〜薄い紫色のように見えます。この変化をうまく数値化したいのですが、何か良い方法がありましたらご教示頂けますでしょうか。

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