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(無題) 削除/引用 No.4667-11 - 2015/12/21 (月) 10:35:23 - a >GENETYXでも見当違いの場所 (膜貫通領域) が出てきました signal anchorってことは無いですよね？

(無題) 削除/引用 No.4667-10 - 2015/12/16 (水) 18:43:07 - ちゃねらー おお様 何度もありがとうございます。勉強します。

(無題) 削除/引用 No.4667-9 - 2015/12/16 (水) 16:15:10 - おお ４ー５th editionの Molecular biology of the cellに載ってると思ったけど。

(無題) 削除/引用 No.4667-8 - 2015/12/16 (水) 15:48:13 - ちゃねらー おお様 > ということはその疎水領域を利用してERにターゲットされるのかもしれない。うまくいくかはわからないけどN末につける コンストラクトは作ってもいいかもしれません。ただうまく行かなかったためのプランBも平行して置きたいところですけど、、シグナルペプチドーcleavage siteータグーあなたの蛋白 でうまくいくかなぁ、、、ちょっと自信がないですけど。 > > んこのタグってちょっとおおきく （ながく ）ないですか。。。大きいとちょっときになるな。。。とくにそのままN末につけるには。 おっしゃる通りで、HaloTag自体大きいのでトポロジー的にももしかしたら問題になるかもしれません・・・。一応リンカーはつけますが、機能・発現に問題がないかは私も自信がないので作ってみて・・・という感じです。 ただ、一先ずシグナルペプチドだけは避けなければと思い質問させていただきました。 > ということはその疎水領域を利用してERにターゲットされるのかもしれない。 シグナルペプチドについてあまり詳しくないのですが、この部分についてできれば詳しく教えていただきたいです。 ゆん様 > HaloTagってなんですか？ プロメガの製品です。詳しくはHPなどでご覧になってください。

(無題) 削除/引用 No.4667-7 - 2015/12/16 (水) 13:46:29 - おお ということはその疎水領域を利用してERにターゲットされるのかもしれない。うまくいくかはわからないけどN末につける コンストラクトは作ってもいいかもしれません。ただうまく行かなかったためのプランBも平行して置きたいところですけど、、シグナルペプチドーcleavage siteータグーあなたの蛋白 でうまくいくかなぁ、、、ちょっと自信がないですけど。 んこのタグってちょっとおおきく （ながく ）ないですか。。。大きいとちょっときになるな。。。とくにそのままN末につけるには。

(無題) 削除/引用 No.4667-6 - 2015/12/16 (水) 13:12:32 - ゆん HaloTagってなんですか？

(無題) 削除/引用 No.4667-5 - 2015/12/16 (水) 13:03:17 - ちゃねらー うに様 > UniProtとかで調べました？ 一応目は通しましたが探せませんでした・・・。 おお様 > 配列予測もできますけどね。。。なぜN末につけると判断されたのでしょう。よくわからなかったら C末につけるのが私の中では常套手段ですけど。 signalPというソフトは使ってみましたが、設定が悪いのかcleavage siteが検出されませんでした。GENETYXでも見当違いの場所 (膜貫通領域) が出てきました。 なぜN末かというと、細胞膜上に発現しているものをHaloTagを使ってlive cellで標識したいからです。 あ様 > I型膜貫通タンパク質？ 1型です。 > シグナルペプチドが切れた後の成熟体のアミノ酸配列を見ているのではないのでしょうか？ 論文上の5番目のAAという表記についてでしょうか？ 確証はありませんが、ファーストメチオニンから5番目と26番目にNがあり、論文上ではその両方を指していましたので、切れる前のアミノ酸配列での番号だと思われます。また、膜貫通領域までにはその二つしかNがないようです。

(無題) 削除/引用 No.4667-4 - 2015/12/16 (水) 12:36:10 - うに UniProtとかで調べました？

(無題) 削除/引用 No.4667-3 - 2015/12/16 (水) 12:17:32 - おお 配列予測もできますけどね。。。なぜN末につけると判断されたのでしょう。よくわからなかったら C末につけるのが私の中では常套手段ですけど。

(無題) 削除/引用 No.4667-2 - 2015/12/16 (水) 12:09:20 - あ シグナルペプチドが切れた後の成熟体のアミノ酸配列を見ているのではないのでしょうか？I型膜貫通タンパク質？

シグナルペプチドの位置 削除/引用 No.4667-1 - 2015/12/16 (水) 11:20:04 - ちゃねらー 一回膜貫通型の膜タンパク質のN末にタグをつけようと考えているのですが、論文を当たってもシグナルペプチドがどの部分なのかわからず、タグの挿入部位で悩んでいます。 グリコシレーション部位はわかっているようなのですが、その場合、少なくともグリコシレーション部位までは切れずに残っていると考えて大丈夫でしょうか？ そのグリコシレーション部位も５番目のAAなので、そうなるとシグナルペプチドが1〜4AAとなり、短すぎるような気がして心配です。

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