BioTechnicalフォーラム [siRNA　どっち派？]

siRNA　どっち派？

No.4855-TOPIC - 2016/02/17 (水) 18:17:57 - si

お世話になっております．

siRNAに関してみなさんの意見を聞かせて下さい．

siRNAの実験をちょくちょくやっているものですが,
みなさんは合成されたsiRNAを（Dharmaconなど）最初から買っていますか？

自分でin vitro transcription -->ds RNA--> RNase IIIなどで自作していますか？

最近は論文などではほぼ合成siRNAをそのままtransfectionしか見なくなったんですが,自作派はまだいるのか知りたくてトピックスを立てさせていただきました．

自作siRNAでは論文にアクセプトされないとかあるんでしょうか？

よろしくお願いいたします．
　

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No.4855-10 - 2016/02/18 (木) 12:41:08 - mbb

最近はsiRNAつかった実験をやっていない
のですが、前にやっていたころは合成機を
持っているラボだったので自作で合成でした。

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No.4855-9 - 2016/02/18 (木) 10:04:28 - si

独り言様、中年様

レスキュー実験の助言ありがとうございます。

確かに、自作siRNA poolではレスキュー実験の設計が難しいですね。
target geneの3'UTR でds RNAを作ってRNase III 処理でsiRNA pool作って強制発現でレスキューですかね。

どうやればいいんだろ。

(無題)

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No.4855-8 - 2016/02/18 (木) 07:31:03 - 中年

RNase IIIを使ったsiRNA poolだとレスキュー実験が容易ではないように思います。non-coding領域を使うのかな。

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No.4855-7 - 2016/02/18 (木) 07:08:59 - 独り言

crispr派です。
でも自作のsiRNAでもちゃんとノックダウンがうまく見え、レスキュー実験などでoff targetでないことを証明しているのであれば、問題ないと思います。結局どの実験もoff target効果を否定するデータが必要になるし、off targetを否定していれば、問題ないでしょう。

(無題)

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No.4855-6 - 2016/02/18 (木) 02:09:51 - si

he様

ご意見ありがとうございます．

合成siRNAが第一選択に変わりは無いんですが，生物種が特殊でknock down保証がなかったり，高価なことがネックですね．

in vitro transcriptionを日常的にやっているラボならlong dsRNAを作ったあとにRNase　IIIなどで処理するだけでsiRNA poolができるので便利だと思っています．その遺伝子に対するsiRNAが少しづつ入っているのでオフターゲットも少ないと言われています．

どなたか自作siRNA派の方はいらっしゃいませんかね？

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No.4855-5 - 2016/02/18 (木) 00:41:04 - he-

いろんな方法があるんですね、自分でsiRNAをつくるなんて考えたことありませんでした。勉強になりました。

www.gelifesciences.co.jp/newsletter/biodirect_mail/technical_tips/tips34.html

(無題)

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No.4855-3 - 2016/02/17 (水) 18:53:37 - si

lenti様

ご意見ありがとうございます．

shはinvitrogenの中のひとに昔，siに比べたらオフターゲットが多いみたいなことを言われてから候補に挙げなくなってしまってました．
siRNAを売りたかっただけかもしれませんが．

shRNA派，Crispr派もご意見ください.

(無題)

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No.4855-2 - 2016/02/17 (水) 18:48:47 - lenti

shRNA派はダメですか？