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同義、非同義置換の検定 トピック削除
No.4868-TOPIC - 2016/02/22 (月) 17:07:34 - fjre
transcriptの配列とアミノ酸配列が公開されている種で、
RNAseqによってSNP解析をやっています。
そこで多型の検出まではでき、vcfファイルが得られています。
ただgtfファイルがなく、SNPEffなどの同義非同義置換の識別ができませんでした。
推定アミノ酸配列があるので、何かできるようなソフトがあるかと思いますが、
これができるとかの情報があれば教えていただきたいです。
　
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同義、非同義置換の検定 削除/引用
No.4868-1 - 2016/02/22 (月) 17:07:34 - fjre
transcriptの配列とアミノ酸配列が公開されている種で、
RNAseqによってSNP解析をやっています。
そこで多型の検出まではでき、vcfファイルが得られています。
ただgtfファイルがなく、SNPEffなどの同義非同義置換の識別ができませんでした。
推定アミノ酸配列があるので、何かできるようなソフトがあるかと思いますが、
これができるとかの情報があれば教えていただきたいです。
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