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(無題) 削除/引用 No.4945-11 - 2016/03/28 (月) 12:42:54 - おお 追加されたコメントをみて思いましたが、確かにWBや昔のノーザンブロットでも、５倍ぐらいないと差があるというのは難しいといわれるのはよくありました。 これはたぶん２倍とか差があっても意味がないということではなくって、実験の性質上どこまで確実にいえるかわからないということだとおもいます。 1.5とか2倍差があれば生物学的に何か意味があるだろうというのは私はそういうことはあるかと思います。 たとえばアロステリックな反応の場合On　Offはシグモイド様の曲線になり狭いドースで制御できるようになります。

リアルタイムPCR 　遺伝子発現量1.5倍の差 削除/引用 No.4945-10 - 2016/03/27 (日) 21:53:36 - なる 匿名さん 具体的な経験から、今の考えを書いて頂きありがとうございます。 データを精査して、表現型と目の前のデータから何が言えるのか 深く考えたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.4945-9 - 2016/03/27 (日) 13:05:06 - 匿名 「済」の様なので、もう見てないかも知れませんが個人的考えを。 自分も昔は1.5倍とか2倍とか意味があるのか？と思ってましたが、考えてみると、ダウン症とかだと21トリソミーで異常が出てくるわけです。1本の染色体分の全遺伝子量が1.5倍になってるので、必ずしも単一の遺伝子の場合に当てはまらないことは承知ですが、それでも絶妙なバランスの上に成り立っている生命活動にとっては1.5倍と言うのは必ずしも無視できる数字ではないのだろう、と最近は思うようになりました。 　もちろん、蛋白によっては数倍の発現量の違いで初めて表現形に差が出てくる場合もあるのではないかと思いますが、1.5倍しか差が無いからと言って切り捨てる必要は無いように思います。

リアルタイムPCR 　遺伝子発現量1.5倍の差 削除/引用 No.4945-8 - 2016/03/26 (土) 20:20:52 - なる qqさん、trackerさん、alphaさん、あおさん、１２３４５６７８さん 返信ありがとうございました。 やはりこういう場で質問してよかったです。 さらに冷静な目でデータを見ることができます。 あおさんの予測どうり、遺伝子発現量の差が大きくても２倍から３倍程度の 遺伝子の発現を解析しており、植物を材料としています。 タンパク質レベルの実験に帰着しなければならないのですが、 その点に関して、月曜日に今回ターゲットとした遺伝子について 酵素活性試験が可能か、その分野専門の先生に相談する予定となっております。 今後のターゲットもあおさんの予測どうりプロモーターおよび転写因子の同定 となっております。 以上お礼まで

(無題) 削除/引用 No.4945-7 - 2016/03/26 (土) 09:59:04 - １２３４５６７８ 何でもそうですが、1.5倍でももっと小さい差でも、方法上の心配事がなくてかつ有意差があるならば、そういう結果なのですから断言してもいいですし、それについてはだれも文句いえません。差異の大きさと生物学的意義の大きさは必ずしも比例するとは限らないし。ただそれが生物学的になにか意味を持つものかどうか、その他のデータとの関係からはじめて自ずと明らかになってくることなので、いくつかのそれぞれ異なる類いの実験データをつきあわせて総合的に考えてみるのが良いと思います。

(無題) 削除/引用 No.4945-6 - 2016/03/25 (金) 11:58:31 - おお その実験でその方法論で有意な差があったということは事実として発表できます。 そこでその実験においてどういう弱点があるかなど整理する必要があります。 １．５倍という数字はハウスキーピングなどの遺伝子を基準にみていて、RTの効率やクルードなミクスチャーのかからかの増幅から得られる数字である。 この色眼鏡をどのようにクリアーにして行く作業は、発表の内容や全体におけるそのデーターの位置づけによっても変わります。 その遺伝子の発現が及ぼす効果について考えるなら、その遺伝子産物の活性や下流を把握することである程度説得力が増すでしょう。 その遺伝子を発現する仕組みを見ているなら、プロモーターの活性やそこにつく転写因子の活性などもキーになるかもしれません。 研究の位置づけとしてメインなところでなければ、似たような環境でアレイ、RNAseqなどのデーターベースから同様に上がっていることが示唆されているということをいうだけでもいいかもしれません。 もちろんqPCRで１.５倍のさがあったとして、それだけで発現のupregulationが示唆されたなどとする内容で何とかなることもあります。

(無題) 削除/引用 No.4945-5 - 2016/03/25 (金) 10:02:21 - alpha その1.5倍の変化が何を意味しているかが重要なところではないでしょうか。 なるさんのご研究で、そのマーカーが非常に重要度が高いのであれば、1.5倍でも差はあると堂々と発表されるべきだと私は思います。 本来は10倍、20倍も変化が確認できるはずなのに、今回は1.5倍しか…となると、発表することに疑問を感じますが、今回はそういうことではないようですし。 qqさんやtrackerさんが仰ることは間違いありませんので、次なる検討となるかと思います。 結局のところ、誰もが思うことは、その変化が生理的に意義があるかどうかが重要だとは思います。

(無題) 削除/引用 No.4945-4 - 2016/03/24 (木) 21:01:51 - tracker 差があると断言できるかどうか →例えば然るべき検定の下で有意差がつくのであれば、その検定方法・有意水準の範疇において差があると主張できるでしょう。 発表できるかどうか →可能でしょう。 そして聴衆はその差が結局生理的にどう効いているのかを知りたくなるので、qqさんの回答に帰着します。

リアルタイムPCR 　遺伝子発現量1.5倍の差 削除/引用 No.4945-3 - 2016/03/24 (木) 18:46:20 - なる qqさん 返信ありがとうございます。 確かに最もなご意見で、酵素活性を見なければならない事案ではあるのですが、 今、お聞きしているのは、1.5倍の差が遺伝子発現解析レベルで 1.5倍の差があり減少（あるいは増加）していました、と 学会発表などで発表できるのか、という点にあります。 そこらへんはどうなのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.4945-2 - 2016/03/24 (木) 12:55:10 - qq mRNA量に差があるからといって、タンパク質量に差があるのか、活性に差があるのかは別問題。 また絶対的な発現量がどのくらいかによっても見方は変わってくるので、なんとも言えません。 結局、最終的な活性を見ないことには、タンパク質（mRNA）の発現量だけでは、何も言えないと思うのです。

リアルタイムPCR 　遺伝子発現量1.5倍の差 削除/引用 No.4945-1 - 2016/03/24 (木) 12:28:13 - なる 遺伝子発現についてリアルタイムPCRで得られたデータの相対値をサンプル間で比較した時に、1.5倍の差を示したデータを見ると、差があると言っていいのかどうかいつも悩んでいます。 反復は、n=3のバイオロジカルリプリケートをしています。 遺伝子発現量について1.5倍の差は、差があると断言してもよいのでしょうか。 それとも、1.5倍の差は発現量に違いのないレベルなのでしょうか。 ご教授頂けないでしょうか。よろしくお願い致します。

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