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takara taq hot startのエラーについて トピック削除
No.5249-TOPIC - 2016/07/18 (月) 15:52:48 - 誠
タイトルの通りです。
現在、研究室でtakaraのtaq hot startを使用しておりますが、どうも1000~2000bpの塩基増幅時に1~2塩基のエラーが入ります。
皆さんの使用感はいかがでしょうか。

10万塩基に140箇所のエラーが入る確率なので、妥当といえば妥当なのですが。
　
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No.5249-8 - 2016/07/19 (火) 22:03:28 - toto
> KODシリーズのなかで最もエラーが少ないというふれこみですが、KOD FX neoあたりと比べてどれくらいいいんでしょうね。私んところではKOD FX neoでも変異は許容範囲だし（実感としてprimestarなんかと変わらない）、よく増えるのでKOD FX neoでとおしてしまいます（若干、plusより高価だけど、増幅の失敗が少ないだけお得かなと、）

確かに。FXneoも使ってます。エラー発生率がある程度以下になれば、普通のコンストラクションでは区別はつかないですね。一応はメーカーを信じて、長いものはFXneoで、増えやすそうなのはKODplusにしてはいます。

(無題) 削除/引用
No.5249-7 - 2016/07/19 (火) 16:22:32 - AP
>KODplusでは実感で少なくともこれより一桁低いエラー率になるのでうちではdefaultにしてます。広く使われてもいるようです。

KODシリーズのなかで最もエラーが少ないというふれこみですが、KOD FX neoあたりと比べてどれくらいいいんでしょうね。私んところではKOD FX neoでも変異は許容範囲だし（実感としてprimestarなんかと変わらない）、よく増えるのでKOD FX neoでとおしてしまいます（若干、plusより高価だけど、増幅の失敗が少ないだけお得かなと、）

(無題) 解決済み 削除/引用
No.5249-6 - 2016/07/19 (火) 15:17:06 - 誠
皆様

ありがとうございました。平気でtaqを使っていたので(クローニングに)、少し驚いております。私自身は別のものを使っていたので実害はなかったのですが。

研究室でもKODに変えるかもしれません。
参考になりました。ありがとうございました。

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No.5249-5 - 2016/07/18 (月) 18:45:01 - asan

今時クローニング等でtaqを使う人はあまりいないでしょうね。
エラーが入ってほしくないならhigh fidelityの酵素を用いるのが一般的でしょう。
TAcloning用にわざわざhigh fidelityの酵素を使った後にdAを付加する事だってありますし、
そのようなkitも売ってたりします。

(無題) 削除/引用
No.5249-4 - 2016/07/18 (月) 17:18:20 - toto
おおさんのご意見の通り、１Kで一つのエラーはTaqでは想定内です。特に何処の肩を持つわけでもないですが、KODplusでは実感で少なくともこれより一桁低いエラー率になるのでうちではdefaultにしてます。広く使われてもいるようです。

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No.5249-3 - 2016/07/18 (月) 16:22:54 - 誠
おお様

ありがとうございまず。
となると、taqはあまり使われていないものなのでしょうか。

他のポリメラーゼへの変更も考えております。。。

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No.5249-2 - 2016/07/18 (月) 16:04:42 - おお
私の感覚でもTaqだとそんなもんだとおもいます。１k増幅したら一つぐらいエラーが入っていることはよくあります。

takara taq hot startのエラーについて 削除/引用
No.5249-1 - 2016/07/18 (月) 15:52:48 - 誠
タイトルの通りです。
現在、研究室でtakaraのtaq hot startを使用しておりますが、どうも1000~2000bpの塩基増幅時に1~2塩基のエラーが入ります。
皆さんの使用感はいかがでしょうか。

10万塩基に140箇所のエラーが入る確率なので、妥当といえば妥当なのですが。
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