Bio Technical フォーラム

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この実験系の意義 トピック削除
No.5330-TOPIC - 2016/08/15 (月) 11:08:20 - yuri
こんにちは。
ある実験系について疑問があり、ご質問させていただきます。
ある遺伝子Aと遺伝子質Bがあり、それぞれの遺伝子は同じCという細胞の分化に必須である（AとBをそれぞれKDするとC細胞の分化が阻害される）ことがわかっていて、またAとBが相互作用することで、C細胞の分化につながる可能性があることいわれているとします。
今、AとBが相互作用することで本当にC細胞の分化につながるのかを検証するため、Aをノックダウンした細胞にAとBのキメラタンパクを導入し、C細胞へと分化誘導したときにどうなるか、またBをノックダウンした細胞に同条件でC細胞への分化が起こるかを検証しようとしているとします。

Aをノックダウンした細胞にABキメラを導入してC細胞へ分化すれば、AはBと相互作用してC細胞への分化を制御していることが言えると思うのですが、Bをノックダウンして同条件で実験を行う意義は何なのでしょうか？　（AB両方向からアプローチして、さらに２間の相互作用の重要性を証明することでしょうか？）
また追実験としてAをノックアウト、Bをノックアウトして同条件で実験する意義はあると思われますでしょうか？
　
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No.5330-5 - 2016/08/15 (月) 15:04:05 - おお
わたしもこの実験では本当は結合の関与が言えないんじゃないかと思うのでパーフェクトではないと書きましたが、皆さんの指摘のように、結合しないという状況を作り出すのがより直接的だと思います。

そのキメラがAとBの結合に関する部分が削られていたらな、Aで結合に関与する部分を削ったものとBで結合する部分を削ったものを融合しないで２種類同時に発現させるとコントロールになるのである程度の安定性を持って結合あるいは非常に近い位置にあることがシグナル伝達に必要だと初めて言えるような気がします（その実験のみで考えると）。

それとも、AのKDにAを戻して、どれほどのABコンプレックスができていて、AB融合したもののBのBの存在から比べてなん％で、分化の度合い（割合）もその比と相関関係にあるとか（これは結構難しい実験になるのでデーターがどの程度信用されるかという懸念はあるけど）。

(無題) 削除/引用
No.5330-4 - 2016/08/15 (月) 14:35:49 - み
AとBが相互作用したもの（複合体といって良いのか文面からはわからないが）とABキメラは同一ではないだろうし厳しそうな印象。
AとBの分子間相互作用を阻害するマテリアルは作製できないのでしょうか？
ドミネガやデコイ的な物を応用できないのかな。

(無題) 削除/引用
No.5330-3 - 2016/08/15 (月) 13:24:10 - 小言幸兵衛
> Aをノックダウンした細胞にABキメラを導入してC細胞へ分化すれば、AはBと相互作用してC細胞への分化を制御していることが言えると思うのですが

この実験（のみ）からそんなことは言えないでしょう。

(無題) 削除/引用
No.5330-2 - 2016/08/15 (月) 12:50:57 - おお
キメラを使うというのは、Aの活性に関与するところとBの活性に関与するところを一つのポリペプチドにして、そのキメラはエンドのAやBに結合しないということでしょうか？そういうのがないとうまく説得できるデーターになるかどうかも不思議ですし、イマイチパーフェクトな実験に思えませんけど。

それはとにかく、理論的にそうなるだろうと思うことをできる範囲ですべて示すことは大事です。一つでも理論とつじつまが合わないならば、それは理論が間違えているということの裏返しだからです。それだけ慎重にやった方がいいと言うのは、細胞のなかはいろいろな蛋白が混じっていたり、特殊な区画ができたりかなり複雑で予想ができないことが起こっているかもしれないですからです。理論に当てはまらない部分があるならその時点で理論（仮説）を変えるか修正していかなければなりません。単品の化学物質を数個用意して混ぜるのとは事情が違います（ただ化学反応も副反応とかでるだろうし、かんたんだとはいえませんけどね）。

この実験系の意義 削除/引用
No.5330-1 - 2016/08/15 (月) 11:08:20 - yuri
こんにちは。
ある実験系について疑問があり、ご質問させていただきます。
ある遺伝子Aと遺伝子質Bがあり、それぞれの遺伝子は同じCという細胞の分化に必須である（AとBをそれぞれKDするとC細胞の分化が阻害される）ことがわかっていて、またAとBが相互作用することで、C細胞の分化につながる可能性があることいわれているとします。
今、AとBが相互作用することで本当にC細胞の分化につながるのかを検証するため、Aをノックダウンした細胞にAとBのキメラタンパクを導入し、C細胞へと分化誘導したときにどうなるか、またBをノックダウンした細胞に同条件でC細胞への分化が起こるかを検証しようとしているとします。

Aをノックダウンした細胞にABキメラを導入してC細胞へ分化すれば、AはBと相互作用してC細胞への分化を制御していることが言えると思うのですが、Bをノックダウンして同条件で実験を行う意義は何なのでしょうか？　（AB両方向からアプローチして、さらに２間の相互作用の重要性を証明することでしょうか？）
また追実験としてAをノックアウト、Bをノックアウトして同条件で実験する意義はあると思われますでしょうか？
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