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(無題) 削除/引用 No.5339-4 - 2016/08/27 (土) 13:48:04 - おお kegg pathwayとかだめなんかな。 https://david.ncifcrf.gov/ こことかだといろんなデーターベースに当ててくれるけどな。

マイクロアレイの解析について 削除/引用 No.5339-3 - 2016/08/27 (土) 13:20:20 - アレイ解析 数年前に、DNAマイクロアレイの受託解析を何回か行いました。 しかし、多くのデータを処理するにはとても初心者には無理だと思いました。 一番良いのは高くつきますが、解析を依頼することです。ずっと同じ研究をするのであれば、次回から解析を頼まなくても、同様の方法でデータ処理出来ます。 私は受託した会社の営業の方に、解析方法の基礎だけを教えてもらいましたが、前の方が書いているようにGene Ontologyを使うのが一番です。 もらったデータはおそらく、解析ソフトであけると思いますので、キーワードやパラメーターを入力すれば、遺伝子間に関係のある遺伝子がピックアップできます。その解析ソフトでいろいろなグラフも書いてくれたように思います。 ヒートマップは適当なソフトは見つかりませんでしたので、選択した遺伝子の値をエクセルに移し、値を色分けして、自分で作りました。300くらいの遺伝子でしたので、さほど時間はかかりませんでした。 こういう解析はもう少し安くしてほしいですね。

GO 削除/引用 No.5339-2 - 2016/08/18 (木) 13:53:04 - ema 分類はGOが有名です。 データ形式はエクセルしかないのでしょうか？ GeneSpring-IPAなどのソフトはどなたか持ってたら貸してもらう。 NextBio、subio フリーならExAtras http://lgsun.grc.nia.nih.gov/exatlas/ はどうですか？

マイクロアレイの解析について 削除/引用 No.5339-1 - 2016/08/18 (木) 05:41:32 - けい 現在、マウス　アジレントマイクロアレイを用いて、遺伝子発現解析を行っております。データが得られたので、どのpathwayが影響を受けているのか、確認しているところなのですが、そこで質問です。 例えば、Canonical Wnt signal関連の遺伝子一覧、FGF signal関連の遺伝子一覧、Notch signal関連の遺伝子一覧、MAPK signal関連遺伝子一覧などなど、それぞれのpathwayについてヒートマップを作成したいと考えています。いろいろ調べてみたのですが、公開されているデータベースで、エクセルのデータシートなどで、遺伝子symbolを用いて各pathwayに関する遺伝子一覧を載せたデータが見つかりません。見つかったとしても、遺伝子一覧を確認したところ、非常に信頼性に乏しいです。 どなたか、良いデータベースをご存じないでしょうか？ 初歩的な質問で、大変に恐縮ですが、ご教授くださいましたら、本当に助かります。どうか宜しくお願いいたします。

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