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(無題) 削除/引用 No.5356-7 - 2016/08/27 (土) 15:53:13 - asan 確かに、言われてみればペプチド1つぐらいなら自分でアサインすればリン酸化部位くらいなら決まりそうですね。アミノ酸配列も分かってるんだし。

(無題) 削除/引用 No.5356-6 - 2016/08/26 (金) 03:10:45 - おお ではその数字が全てでしょう。

(無題) 削除/引用 No.5356-5 - 2016/08/26 (金) 00:18:54 - 初心者 おおさん ご返答ありがとうございます。 おっしゃる通りです。 一応、目で見てどの当たりか 自信は持てませんが見当はついています。

(無題) 削除/引用 No.5356-4 - 2016/08/26 (金) 00:00:14 - 初心者 asanさん 有用な情報をありがとうございます。 いくつか調べてはいるのですが、ご指摘のとおり、 ファイル形式が対応していなかったり、 操作法が煩雑だったりしてなかなか苦戦しています。 商用のMascotも探してみたいと思います。 難しければ、少し時間はかかりますが、 C末タグも検討してみたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.5356-3 - 2016/08/25 (木) 17:49:55 - おお これって、FLAGで回収してその蛋白だけを見ているのではないのですか？もしそうならMSのサイズを目で見ていってもそんなに面倒ではないですよね。

(無題) 削除/引用 No.5356-2 - 2016/08/25 (木) 14:30:49 - asan Mascotでも普通に出来るはずですが、ちょっと見た感じだとフリーの解析だけできる版ってのがあるんですね。それだと無理そうですね。 Maldi-TOFで使われるメジャーなソフトはあまり知らないんですが、オープンソース系のソフトだと https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_mass_spectrometry_software に乗ってるものを探すしかないと思いますね。それでも島津は対応してないのも結構あるかも。まあ、使い方とか結局面倒だからMALDIを設置してる研究室とかがMascotを契約してるならそのラボに解析だけ使わせてもらうとか、あるいは知り合いに一人ぐらいMascotのライセンスを取ってる人いませんかね？ それかどうせ全ペプチドが見えるわけでもないので、端の方は捨てるとか、C末にタグを変えるしかないか、とかでしょうか。

MSMSデータからリン酸化修飾部位を同定するソフトについて 削除/引用 No.5356-1 - 2016/08/25 (木) 13:00:21 - 初心者 お世話になります。 N末にFLAGを付けたタンパク質のリン酸化修飾部位をMALDI-TOF（Axima, Shimadzu）でMS/MSを行い、MASCOTを使って同定しています。ただFLAGを含む当該タンパク質のN末端部位のリン酸化は、MASCOT のSwissProtなどのデータベースとの照合では同定ができません。 ニュートラスロスが観察されたMS/MSデータ（precursor ionのm/zからFLAGを含むN末部分のペプチドと想定されます）を自分で入力したアミノ酸配列（FLAG付きタンパク質の配列）と照合して、リン酸化部位を同定できる方法、無償のソフトを探しているのですが、お薦めのものをいくつかお教えいただけますと大変助かります。 よろしくお願いいたします。

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