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(無題) 削除/引用 No.5410-12 - 2016/09/25 (日) 16:22:08 - 中年 書いた後で思いついたのですが、SH3やEVH1ドメインとPro-richモチーフ、SH2やPTBドメインとpTyrモチーフなどの場合はこの限りではなさそうですね。

(無題) 削除/引用 No.5410-11 - 2016/09/25 (日) 10:10:11 - 中年 タンパク質同士の相互作用を低濃度（というか、実用的な）の薬剤で特異的に阻害することは原理的に難しいのではないでしょうか（偏見？）。酵素活性の阻害のように深いポケットに嵌れば良いわけではなく、パッチとパッチ（面と面）の相互作用を阻害しなくてはいけないので、そこに十分なアフィニティーを持つ構造ってどういうものを想定すれば良いのでしょう？ 絶対無理というわけはないでしょうし、いくつか実例もあるようですが、わずか500の化合物をスクリーニングして、その中に活性のあるものが見つからないからといって驚くことではないような気がします。

(無題) 削除/引用 No.5410-10 - 2016/09/24 (土) 23:56:01 - 誠 K様 ＞ポジコン、ネガコンが置けないスクリーニングは、なかなか難しいですよね。 そうなんです。比較になるもの(活性、方法)がなく、困っているのです。 皆様おっしゃっている通り、数百やってすべて結果が同じ、ということにはならないはずですので、自分なりに解釈、考察して受け入れていこうと思います。 ＞指導する大学院生にこういう説明をするときは泣けますね。 当方、大学院生です。私のボスも頭を抱えているのでしょうか...笑

(無題) 削除/引用 No.5410-9 - 2016/09/24 (土) 23:51:40 - 誠 PK様 ＞「新規の活性」に対する阻害剤を探索しているのか、既知の活性に対する「新規の阻害剤」を探索しているのか、どちらでしょうか？　 すみません。言葉足らずでした。後者です。 相互作用することが知られている、あるタンパクの阻害剤はまだ知られていない、という意味です。 ＞反応条件のレンジ 勉強不足です。どういう意味でしょうか...

(無題) 削除/引用 No.5410-8 - 2016/09/24 (土) 23:46:14 - 誠 おお様 ＞わたしなら全くすべて活性０というのは（スケールによるかもしれませんが）、現実的ではないので弱くても活性がありそうなものを取り上げて、考察などしてまずはそれでその研究に一区切り入れるんじゃないかなと。 弱くても活性...出ますよね...出ますよね(苦笑) 今後また質問することがあると思います。いつもありがとうございます。

みなさまありがとうございます 削除/引用 No.5410-7 - 2016/09/24 (土) 23:43:34 - 誠 おお？様 ＞結論から言って、”その時間、その組成では”という条件付きで、阻害作用を示すものはなかった、ということでは。 500サンプル中には阻害剤はなかったと断定はいつまでたっても出来ないし、断定することはサイエンティフックではないと思います。 そうですね。おっしゃる通り「あくまでその条件では結果が出なかった」という風にとどめておこうと思います。スクリーニング法はY2Hを応用した方法で、レポータータンパクの発現の違いから相互作用の阻害を推定するというものです。系の確認は現在行っている最中です。

(無題) 削除/引用 No.5410-6 - 2016/09/21 (水) 02:06:22 - K ポジコン、ネガコンが置けないスクリーニングは、なかなか難しいですよね。 先のコメントにもありましたが、びしっと0にそろうことはないと思うので、私なら、シグナル高め（阻害されていない）20個、シグナル低め（阻害作用ありそう）80個くらいをとって、反応時間など振れる条件を振ってみると思います。 明らかな差を持ったコンパウンドがなければ突き進む勇気はでませんから、最終的には予算をくぎって、それまでに有望なものが出なければあきらめる、というのが実際的じゃないかと思います。指導する大学院生にこういう説明をするときは泣けますね。

(無題) 削除/引用 No.5410-5 - 2016/09/17 (土) 07:44:15 - PK 阻害剤の探索というからには、阻害対象となる活性があるわけですよね。そこで、「新規の」という言葉の意味がちょっと不明瞭と思いました。「新規の活性」に対する阻害剤を探索しているのか、既知の活性に対する「新規の阻害剤」を探索しているのか、どちらでしょうか？　 前者であれば、その「新規の活性」は、あなたが所属する研究室でしか知られていないわけで、その活性の測定法もあなたの研究室で開発されたものになりますよね。そうなると、その活性を阻害するための条件設定は、あなたの研究室のデータをもとに検討するよりなく、その「新規の活性」の解析が不十分だと、かなり大変になるような気がします。例えばキナーゼの阻害剤の場合、１０年から２０年かけてキナーゼそのものに対する解析が広く行われた上で、阻害剤の開発に至った歴史があります。まずは、その「新規の活性」についての理解を深める事が重要なように思います。 後者の場合は、既知の阻害剤はなくても、その活性そのものについては、情報が得られますよね。そこから反応条件のレンジがある程度推測できれば、そのレンジの両端と真ん中あたりで条件を振ってみてはどうでしょうか？　候補が５００あって大変であれば、ランダムに選んで１００くらいまで減らすとか、複数の候補化合物を混ぜてテストして当たりをつけるとか、どうでしょう？

(無題) 削除/引用 No.5410-4 - 2016/09/17 (土) 06:18:28 - おお >500サンプル中に阻害能があるものはなかった...？ ５００の中から阻害活性を持つものは（このスクリーニングでは）見いだせなかった。 組成とか反応時間とかはデザインする中でやっておけることはするのが普通だと思うし、それでも未知の部分があるのはわかりますが、何ら根拠なしに組成がどうとか、時間がどうとか言うのはちょっと無理があります。 わたしなら全くすべて活性０というのは（スケールによるかもしれませんが）、現実的ではないので弱くても活性がありそうなものを取り上げて、考察などしてまずはそれでその研究に一区切り入れるんじゃないかなと。その上でその弱い活性がリードコンパウンドとしていけるとか、類似物質をスクリーニングする価値があるとか思うなら新たに研究を立ち上げられるだろうし、あまり先に望みがないなら、他のライブラリーを当たるとか、違う角度で見てみるとかいうふうになるかなとおもいます。

(無題) 削除/引用 No.5410-3 - 2016/09/17 (土) 06:03:08 - おお 以下の発言はいつもの私ではありません

(無題) 削除/引用 No.5410-2 - 2016/09/17 (土) 04:30:41 - おお ＞この反応時間、この組成、と決めて、500サンプルのアッセイが終わったとして、どのサンプルにも阻害能がなかったとしたら... 反応時間が足りなかった？組成が悪かった？そもそも500サンプル中に阻害能があるものはなかった...？などと色々思い当たるのですが、皆さんどのあたりでケリをつけるのでしょうか。 結論から言って、”その時間、その組成では”という条件付きで、阻害作用を示すものはなかった、ということでは。 500サンプル中には阻害剤はなかったと断定はいつまでたっても出来ないし、断定することはサイエンティフックではないと思います。 ちなみにスクリーニング方法は何ですか？阻害する相手はタンパク質ですか？ 細胞ですかそれとも個体ですか？それとも精製した組替えタンパク質ですか？ もしタンパク質ならRNAiやKOなどを使って、きちんどスクリーニングのシステムが構築されているか確認されていますか？つまり、500の中に阻害作用を示すものがあっても別のタンパク質？等が代償して、阻害作用が見かけ上見えないということもあり得るのでは。

研究について(雑談風) 削除/引用 No.5410-1 - 2016/09/16 (金) 16:45:21 - 誠 いつもお世話になっております。 今回は、(実験のことではあるのですが、)少し雑談風に皆さんの意見をお聞きしたいと思い、トピ立てしました。 お聞きしたいことは、「未知のテーマの実験結果をどう評価するか」です。 前提条件として、 �@全くの新規の阻害剤を探索したい �Aその阻害作用を示す物質は今まで知られていなく、既存の阻害剤との比較、ということができない。 �Bスクリーニングの対象サンプルは膨大(仮に500サンプル)。 あたりに設定しましょう（私の現状ですが笑） この反応時間、この組成、と決めて、500サンプルのアッセイが終わったとして、どのサンプルにも阻害能がなかったとしたら... 反応時間が足りなかった？組成が悪かった？そもそも500サンプル中に阻害能があるものはなかった...？などと色々思い当たるのですが、皆さんどのあたりでケリをつけるのでしょうか。 少し哲学的ですが、もしご意見お聞かせいただける方がいらっしゃいましたら、お願いいたします。

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