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shRNAの設計方法 トピック削除
No.5419-TOPIC - 2016/09/20 (火) 20:48:00 - shRNA
度々参考にさせていただいております。
皆様はshRNA(19mer)の設計(ターゲット配列の選定)はどのようにやっておられますでしょうか。

pSuperというshRNA発現retro virus vectorがございまして、
shRNAを設計・利用したいと考えております。

21merのshRNAのデザインには、
BLOCK-iT™ RNAi Designer(Life techのHP)を利用していたのですが、
pSuperは19merでの設計が必要な様で、
どうしたものかと困っております。

皆様はshRNAの設計(特に19mer)はどのようにしておられますでしょうか。
pSuperをご使用しておられなくても、
ご教授いただければと思います。
よろしくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.5419-3 - 2016/09/23 (金) 22:24:36 - shRNA
123様

ありがとうございます。
参考になります。
実際のところ、どれくらいちゃんと使える配列が出てくるのでしょうか。



今、siDirect23merの前後2merずつ除いた19merで作製を試みております。

pSuperってあまり使われていないのでしょうか。
あまりレスポンスがいただけないようですので。
何がよく使われているのでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.5419-2 - 2016/09/23 (金) 11:44:48 - 123
InvivoGenのを使っています。
http://www.invivogen.com/sirnawizard/design.php
ターゲットの長さを決められます。

shRNAの設計方法 削除/引用
No.5419-1 - 2016/09/20 (火) 20:48:00 - shRNA
度々参考にさせていただいております。
皆様はshRNA(19mer)の設計(ターゲット配列の選定)はどのようにやっておられますでしょうか。

pSuperというshRNA発現retro virus vectorがございまして、
shRNAを設計・利用したいと考えております。

21merのshRNAのデザインには、
BLOCK-iT™ RNAi Designer(Life techのHP)を利用していたのですが、
pSuperは19merでの設計が必要な様で、
どうしたものかと困っております。

皆様はshRNAの設計(特に19mer)はどのようにしておられますでしょうか。
pSuperをご使用しておられなくても、
ご教授いただければと思います。
よろしくお願い致します。

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