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KOマウスの標的タンパク質消失の確認法 トピック削除
No.5596-TOPIC - 2016/12/05 (月) 12:41:11 - Voyage
お世話になります。

先日ラボのボスから、以前研究室にいた学生 or ポスドクが作製したKOマウスを用いての実験を依頼されました。すでに作製者はラボにおらず、残された実験ノートしか情報源がないのですが、どうやらCre/loxpシステムを用いた臓器特異性のKOマウスのようで、件の学生 or ポスドクがいなくなった後もlineは維持されていたようです。先週genotypingを確認したところ、実験ノートに記載されていた通りのfloxバンドとWTバンドが得られ、cre/floxシステムは生きているようでした。しかし、作製者を含めて今まで誰も標的タンパク質のKOを確認していないようで、依頼された実験を始める前にまずは標的タンパク質のKOを確認しなければならない状況なのですが、実験ノートからはどのエクソンを潰したといった詳細な情報は得られず、困ったことに標的タンパク質がWBでも判断し辛い(論文的によく使われている抗体がなく、使用している抗体ではKOマウスのサンプルでも標的タンパク質と思しきバンドが認められ、抗体が悪いのかKOできていないのかがよくわからない)ため、途方に暮れております。
何か妙案はありませんでしょうか?
 
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(無題) 削除/引用
No.5596-6 - 2016/12/05 (月) 23:56:54 - おお
>検出を諦めかけていたタンパク質が、IP->WB をすることで、バリッとバンドが出たことありますよ。

わたしもそういう事を考えていました。IPの条件にもよるかもしれませんが通常のCell lysatesをえる界面活性剤のはいったものはWBより厳しいですのでスペシフィックなものを濃縮できる可能性が高いと思います。

いずれにしろ何らかのネガコンがほしいですね。。。

有無を確認するだけなら・・・ 削除/引用
No.5596-5 - 2016/12/05 (月) 23:15:55 - 774R
検出を諦めかけていたタンパク質が、IP->WB をすることで、バリッとバンドが出たことありますよ。

(無題) 削除/引用
No.5596-4 - 2016/12/05 (月) 22:29:21 - おお
抗体のほうは、ノンスペの吸収とかいくらかやれることがあるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.5596-3 - 2016/12/05 (月) 18:07:20 - AA
PCRがかかるならそのプライマーの配列から
どのエクソンかくらいはわかるのでは?

み さんの言われる通り、新規のマウスであれば、
ターゲティングベクターなどの情報なしには論文化できませんが
その点はどうするのでしょう?

(無題) 削除/引用
No.5596-2 - 2016/12/05 (月) 13:24:55 - み
自分でまたは外注で抗体作製してKOを確認する。
どのexonを標的としているか分からないって、それでは論文書けませんね?
ボスと会話もできないのですか?

KOマウスの標的タンパク質消失の確認法 削除/引用
No.5596-1 - 2016/12/05 (月) 12:41:11 - Voyage
お世話になります。

先日ラボのボスから、以前研究室にいた学生 or ポスドクが作製したKOマウスを用いての実験を依頼されました。すでに作製者はラボにおらず、残された実験ノートしか情報源がないのですが、どうやらCre/loxpシステムを用いた臓器特異性のKOマウスのようで、件の学生 or ポスドクがいなくなった後もlineは維持されていたようです。先週genotypingを確認したところ、実験ノートに記載されていた通りのfloxバンドとWTバンドが得られ、cre/floxシステムは生きているようでした。しかし、作製者を含めて今まで誰も標的タンパク質のKOを確認していないようで、依頼された実験を始める前にまずは標的タンパク質のKOを確認しなければならない状況なのですが、実験ノートからはどのエクソンを潰したといった詳細な情報は得られず、困ったことに標的タンパク質がWBでも判断し辛い(論文的によく使われている抗体がなく、使用している抗体ではKOマウスのサンプルでも標的タンパク質と思しきバンドが認められ、抗体が悪いのかKOできていないのかがよくわからない)ため、途方に暮れております。
何か妙案はありませんでしょうか?

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