Bio Technical フォーラム

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Glaxyを用いたRNAseq:tophatがうまくいきません。 トピック削除
No.5649-TOPIC - 2017/01/02 (月) 15:43:52 - かい
RNAseq解析に詳しい方ご教授ください。

現在イルミナNGSから出てきたペアエンドリードのdataを用いてGlaxyにてRNAseqをおこなっています。
最終的には、コントロールと実験群の遺伝子発現量の差を出したいと思っていますが、TopHatにて
An error occurred setting the metadata for this dataset
Set it manually or retry auto-detection
87 TopHat on data 12 and data 11: accepted_hits
というエラーがいつも出てしまい。うまくいきません。

どなたか解決方法を知っていないでしょうか?
 
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Glaxyを用いたRNAseq:tophatがうまくいきません。 削除/引用
No.5649-3 - 2017/01/02 (月) 16:41:21 - かい
早速ありがとうございます。心強いです。
今から試してみます。状況はまたアップします。

(無題) 削除/引用
No.5649-2 - 2017/01/02 (月) 16:31:51 - seohajime
FASTQファイルにTophatを実行することでしょうか?
Tophatを実行する前に、そのファイルのpencilアイコン押し、Edit Attributes を選択、Auto-detectを押したら、どうでしょうか。

Glaxyを用いたRNAseq:tophatがうまくいきません。 削除/引用
No.5649-1 - 2017/01/02 (月) 15:43:52 - かい
RNAseq解析に詳しい方ご教授ください。

現在イルミナNGSから出てきたペアエンドリードのdataを用いてGlaxyにてRNAseqをおこなっています。
最終的には、コントロールと実験群の遺伝子発現量の差を出したいと思っていますが、TopHatにて
An error occurred setting the metadata for this dataset
Set it manually or retry auto-detection
87 TopHat on data 12 and data 11: accepted_hits
というエラーがいつも出てしまい。うまくいきません。

どなたか解決方法を知っていないでしょうか?

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