Bio Technical フォーラム

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動物実験におけるコントロールの置き方 トピック削除
No.5723-TOPIC - 2017/01/31 (火) 12:27:16 - ぺえぺえ
いつも拝見させていただいてます。

うちのラボではSNPによるミューテンションでワイルドタイプとヘテロタイプのマウスコロニーを持っています。5年ほどたっており、その間は他のマウスとの交配はないと思われるのでクローズドコロニーとなっています。

基本的な事なのですが、このワイルドタイプとヘテロタイプを使用し、例えばタンパクの発現などを比べたいとき、サンプルは同腹仔のものを比べるべきでしょうか。論文にlittemate wild typeを使用した、と書かれているのをよく見かけます。しかし、ワイルドタイプをコントロールとするならば、コロニー全体のgeneのバランスも含めてコントロールとするべきなような気もします。一方同腹仔の方が、SNPの違いをより反映するような気もします。

もし良い論文が有れば教えていただけたら幸いです。皆さん、ご意見を御願いします。
 
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動物実験におけるコントロールの置き方 削除/引用
No.5723-3 - 2017/02/01 (水) 13:02:27 - ぺえぺえ
ありがとうございます。

おっしゃる通り、ミューテーションはリーサルなので、ホモは生まれないです。


> ワイルドとヘテロを別々に維持しているように思える書き方なのですが、実際どうしてるんでしょうか? 

書き方がわるくてすみません。実際にはワイルドとヘテロでブリーディングペアを作って、子供をgenotypingしてコロニーを維持しています。別々に管理しているわけでは有りません。

ミューテーションによるタンパクの機能の違いをみたいと考えおり、最終的には機能を改善させる薬剤を発見したいと考えています。クローズドコロニーでは、ある程度遺伝子のばらつきがあると推測するため、そういう意味では実験の目的にはそもそも好ましくないのでしょうか。。。

(無題) 削除/引用
No.5723-2 - 2017/02/01 (水) 08:28:44 - おお
ミュータントのホモが考慮に入ってないのが不思議な気がしますが、生まれないのですか、、、

ワイルドとヘテロを別々に維持しているように思える書き方なのですが、実際どうしてるんでしょうか?

実験の目的はなんですか?もしそのSNPの違いを見るための実験ならその他のファクター(バックグランド)が揃っていたほうがいいわけですし、その他のファクターを考えるならそのSNPのジェノタイプを固定しておいたほうがいいでしょうし。

動物実験におけるコントロールの置き方 削除/引用
No.5723-1 - 2017/01/31 (火) 12:27:16 - ぺえぺえ
いつも拝見させていただいてます。

うちのラボではSNPによるミューテンションでワイルドタイプとヘテロタイプのマウスコロニーを持っています。5年ほどたっており、その間は他のマウスとの交配はないと思われるのでクローズドコロニーとなっています。

基本的な事なのですが、このワイルドタイプとヘテロタイプを使用し、例えばタンパクの発現などを比べたいとき、サンプルは同腹仔のものを比べるべきでしょうか。論文にlittemate wild typeを使用した、と書かれているのをよく見かけます。しかし、ワイルドタイプをコントロールとするならば、コロニー全体のgeneのバランスも含めてコントロールとするべきなような気もします。一方同腹仔の方が、SNPの違いをより反映するような気もします。

もし良い論文が有れば教えていただけたら幸いです。皆さん、ご意見を御願いします。

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