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cDNA発現ベクターの開始コドンについて トピック削除
No.5812-TOPIC - 2017/03/06 (月) 10:16:00 - タグっち
とある遺伝子のN末にフラッグタグをつけた発現ベクターを作製しようと思っています。
Kozak - 3xFLAG - cDNAという並びです。
FLAGに開始コドンを入れているのですが、cDNAのシーケンスにもN末に開始コドンが付いています。
このcDNAですが、開始コドンは必要なのでしょうか?
開始コドンの後ろからプライマーを設計するのでよいのでしょうか?
もしよければ教えてください。
 
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No.5812-6 - 2017/03/06 (月) 13:18:21 - AA
EGFPをFusionするpEGFPベクターなどを見てみますと、ATGは残っているようです。
あってもなくても余り問題ないのかもしれませんね

(無題) 削除/引用
No.5812-5 - 2017/03/06 (月) 13:00:21 - タグっち
774R様、おお様、どうもありがとうございます。
kozakをつけているので、cDNAのメチオニンをはずす必要は必ずしも無いのですね。
今回はcDNAのメチオニンを削ってみようと思います。
タグ無しのターゲットが発現してきたら嫌なので。
勉強になりました、ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.5812-4 - 2017/03/06 (月) 12:51:32 - おお
ターゲットの開始コドンを削る人もいるようです。ただし市販のベクターなどではなるべくターゲットのMから始まらないように設計されているか、タグのMの部分に強いコザック配列を持ってきて確実な発現を促すようにしているので、どの程度かはおいておいてターゲットのMからの発現は抑えられていると思われます。

(無題) 削除/引用
No.5812-3 - 2017/03/06 (月) 12:30:28 - 774R
>cDNAにメチオニンがついてたらタグ無しのcDNAが発現してくる可能性がある

絶対にそれが無いとまでは言いませんが、通常先頭の開始コドンにKozakが付いてますし、そこが強力な翻訳開始点になるでしょうから、cDNAのメチオニンから翻訳される可能性はほとんどないですね。

最初のATGを残すかどうかは流儀にもよるかもしれませんが、私の周りではあえて外す理由が見当たらないので、本来の配列を忠実に守るという意味で残してますね。

(無題) 削除/引用
No.5812-2 - 2017/03/06 (月) 12:07:33 - タグっち
ああ、そうか、cDNAにメチオニンがついてたらタグ無しのcDNAが発現してくる可能性があるのか。

cDNA発現ベクターの開始コドンについて 削除/引用
No.5812-1 - 2017/03/06 (月) 10:16:00 - タグっち
とある遺伝子のN末にフラッグタグをつけた発現ベクターを作製しようと思っています。
Kozak - 3xFLAG - cDNAという並びです。
FLAGに開始コドンを入れているのですが、cDNAのシーケンスにもN末に開始コドンが付いています。
このcDNAですが、開始コドンは必要なのでしょうか?
開始コドンの後ろからプライマーを設計するのでよいのでしょうか?
もしよければ教えてください。

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